220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2261 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2261  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 447 aa  874    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379644  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1890  3'-5' exonuclease  63.29 
 
 		 404 aa  469  1.0000000000000001e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3921  3'-5' exonuclease  58.03 
 
 		 424 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0599222  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2479  3'-5' exonuclease  59.34 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2210  3'-5' exonuclease  59 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2256  3'-5' exonuclease  59 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0553877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2199  3'-5' exonuclease  59 
 
 		 428 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.10077 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  55.22 
 
 		 418 aa  402  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1548  3'-5' exonuclease  56.76 
 
 		 414 aa  401  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  58.03 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  54.82 
 
 		 413 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  53.23 
 
 		 437 aa  377  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1331  3'-5' exonuclease  59.59 
 
 		 427 aa  373  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0588384  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  54.04 
 
 		 408 aa  372  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  55.28 
 
 		 403 aa  369  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12696  hypothetical protein  53.15 
 
 		 438 aa  370  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000231151  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  53.88 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  54.41 
 
 		 437 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  48.64 
 
 		 443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  54.81 
 
 		 420 aa  349  4e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  52.3 
 
 		 420 aa  349  5e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  51.09 
 
 		 442 aa  348  7e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1649  3'-5' exonuclease  50.72 
 
 		 443 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102813 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1470  3'-5' exonuclease  50.34 
 
 		 451 aa  344  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  52.39 
 
 		 417 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  56.4 
 
 		 416 aa  337  1.9999999999999998e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1656  3'-5' exonuclease  50 
 
 		 449 aa  338  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.290963  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1528  3'-5' exonuclease  50.69 
 
 		 451 aa  335  7.999999999999999e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.104904  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  50.38 
 
 		 416 aa  332  6e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1392  3'-5' exonuclease  47.57 
 
 		 406 aa  321  9.999999999999999e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125783  normal  0.298063 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  48.46 
 
 		 431 aa  319  6e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  50.86 
 
 		 407 aa  317  4e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  52.79 
 
 		 427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  46.12 
 
 		 416 aa  280  4e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  42.93 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  39.19 
 
 		 433 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0883  3'-5' exonuclease  41.13 
 
 		 476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  31.1 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  32.48 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.9 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  34.47 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  36.65 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  29.7 
 
 		 381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  36.65 
 
 		 288 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  33.66 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  36.51 
 
 		 296 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  36.25 
 
 		 288 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  33.08 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  32.34 
 
 		 382 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  30.42 
 
 		 386 aa  106  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  29.6 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  27.64 
 
 		 375 aa  104  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  29.6 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  34.3 
 
 		 385 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  36.8 
 
 		 381 aa  103  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  30.69 
 
 		 384 aa  103  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  31.54 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  30.26 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  31.65 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  29.62 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  33.21 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  32.64 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  33.21 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  30.36 
 
 		 384 aa  100  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  30.36 
 
 		 384 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34.66 
 
 		 389 aa  100  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  32.32 
 
 		 394 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  31.54 
 
 		 401 aa  99.8  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  32.49 
 
 		 379 aa  98.2  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  30.12 
 
 		 427 aa  96.7  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  31.63 
 
 		 395 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.9 
 
 		 386 aa  96.3  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  31.15 
 
 		 392 aa  96.3  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  28.73 
 
 		 399 aa  94.7  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  29.43 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  28.32 
 
 		 392 aa  94.4  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  30.43 
 
 		 377 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  27.51 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  30.71 
 
 		 377 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  28.09 
 
 		 383 aa  92.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  30.38 
 
 		 391 aa  91.3  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  29.06 
 
 		 371 aa  91.3  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  28.49 
 
 		 369 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.96 
 
 		 385 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  28.78 
 
 		 385 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  27.6 
 
 		 392 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  28.14 
 
 		 385 aa  90.9  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  30.71 
 
 		 377 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  28.12 
 
 		 367 aa  90.9  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  28.2 
 
 		 369 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  28.2 
 
 		 369 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  28.2 
 
 		 369 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  29.41 
 
 		 396 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  27 
 
 		 384 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  30.87 
 
 		 396 aa  88.2  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  28.57 
 
 		 405 aa  87.4  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  29.3 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  28.68 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  27.27 
 
 		 384 aa  86.7  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  27.27 
 
 		 384 aa  87  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>