215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1392 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1392  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 406 aa  817    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125783  normal  0.298063 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  47.84 
 
 		 420 aa  342  5e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  46.75 
 
 		 437 aa  327  3e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  47.13 
 
 		 418 aa  323  2e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  47.19 
 
 		 417 aa  315  8e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2261  3'-5' exonuclease  47.57 
 
 		 447 aa  308  6.999999999999999e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379644  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1656  3'-5' exonuclease  44.56 
 
 		 449 aa  303  5.000000000000001e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.290963  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3921  3'-5' exonuclease  44.86 
 
 		 424 aa  302  6.000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0599222  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1649  3'-5' exonuclease  45.04 
 
 		 443 aa  302  7.000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  45.64 
 
 		 408 aa  300  3e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  47.46 
 
 		 403 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  46.21 
 
 		 437 aa  300  4e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  44.76 
 
 		 442 aa  298  8e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  43.67 
 
 		 443 aa  297  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1890  3'-5' exonuclease  43.43 
 
 		 404 aa  295  7e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  45.06 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  43.93 
 
 		 499 aa  294  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2479  3'-5' exonuclease  44.33 
 
 		 426 aa  293  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  45.92 
 
 		 413 aa  291  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1470  3'-5' exonuclease  45.86 
 
 		 451 aa  290  4e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  46.37 
 
 		 420 aa  289  7e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1331  3'-5' exonuclease  44.11 
 
 		 427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0588384  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12696  hypothetical protein  44.66 
 
 		 438 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000231151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  47.67 
 
 		 416 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2210  3'-5' exonuclease  45.61 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2256  3'-5' exonuclease  45.61 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0553877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2199  3'-5' exonuclease  45.61 
 
 		 428 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.10077 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1528  3'-5' exonuclease  45.43 
 
 		 451 aa  281  1e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.104904  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  46.72 
 
 		 407 aa  279  7e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  44.13 
 
 		 416 aa  277  3e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1548  3'-5' exonuclease  45.27 
 
 		 414 aa  275  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  40.92 
 
 		 431 aa  266  5.999999999999999e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  41.98 
 
 		 416 aa  265  1e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  36.92 
 
 		 433 aa  259  8e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  45.99 
 
 		 427 aa  255  8e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  41.53 
 
 		 399 aa  249  4e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0883  3'-5' exonuclease  42.49 
 
 		 476 aa  212  1e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  34.65 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  32.71 
 
 		 382 aa  119  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  33.09 
 
 		 409 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  28.14 
 
 		 375 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  32.33 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  32 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  34.04 
 
 		 396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  33.47 
 
 		 352 aa  109  8.000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  30.19 
 
 		 382 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  34.18 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  33.22 
 
 		 381 aa  106  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.11 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  30.1 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  33.97 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  33.05 
 
 		 381 aa  97.1  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  29.6 
 
 		 392 aa  96.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.03 
 
 		 381 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  35.37 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.3 
 
 		 381 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  34.96 
 
 		 288 aa  94.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  32.37 
 
 		 294 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  28.2 
 
 		 391 aa  93.6  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.4 
 
 		 386 aa  93.6  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.5 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  29.5 
 
 		 386 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  32.92 
 
 		 389 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  34.27 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  29.1 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  31.78 
 
 		 295 aa  90.9  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  32.35 
 
 		 385 aa  90.5  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  31.16 
 
 		 395 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  32.35 
 
 		 385 aa  90.5  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  27.15 
 
 		 375 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  27.15 
 
 		 375 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.04 
 
 		 384 aa  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  33.09 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  26.89 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  27.15 
 
 		 375 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  31.9 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  27.14 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  26.1 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  28.98 
 
 		 383 aa  87.8  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  32.08 
 
 		 394 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  31.32 
 
 		 392 aa  87  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  26.63 
 
 		 375 aa  87  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  32.48 
 
 		 392 aa  86.3  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  26.03 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  31.76 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  29.54 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  31.68 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  29.35 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  31.54 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  33.77 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  31.76 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  29.79 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  29.64 
 
 		 375 aa  83.6  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  25.81 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  29.43 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  26.7 
 
 		 375 aa  82.8  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  26.78 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  26.7 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  29.86 
 
 		 377 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  28.57 
 
 		 377 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>