89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3955 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  100 
 
 		 400 aa  827    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  39.18 
 
 		 401 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  30.48 
 
 		 399 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  36.75 
 
 		 376 aa  189  5.999999999999999e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  32.94 
 
 		 404 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  31.85 
 
 		 355 aa  156  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.22 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  30.87 
 
 		 394 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  31.85 
 
 		 356 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  32.67 
 
 		 350 aa  135  9e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  31.37 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  30.28 
 
 		 360 aa  129  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  28.62 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  30.29 
 
 		 357 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  29.08 
 
 		 366 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  29.49 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  27.91 
 
 		 391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  27.91 
 
 		 391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  26.65 
 
 		 383 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.66 
 
 		 347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  28.7 
 
 		 355 aa  113  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 366 aa  113  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  27.6 
 
 		 359 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  28.48 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  31.02 
 
 		 351 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  26.39 
 
 		 365 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  30.82 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  27.05 
 
 		 395 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.11 
 
 		 367 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.48 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  27.35 
 
 		 347 aa  97.1  5e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  26.78 
 
 		 352 aa  96.3  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  26.57 
 
 		 416 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  29.97 
 
 		 355 aa  95.9  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  28.98 
 
 		 367 aa  92.8  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  24.45 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  27.39 
 
 		 349 aa  87.8  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 355 aa  87.8  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  24.14 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.86 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  25.54 
 
 		 414 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  25.54 
 
 		 414 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  25.54 
 
 		 414 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  26.69 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  28.57 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  26.13 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  23.66 
 
 		 348 aa  55.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  27.61 
 
 		 255 aa  55.1  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  26.02 
 
 		 370 aa  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5468  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 174 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.624713 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  28.74 
 
 		 175 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  25.28 
 
 		 173 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  35.09 
 
 		 131 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  29.59 
 
 		 156 aa  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1728  protein of unknown function DUF955  31.82 
 
 		 331 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  25.9 
 
 		 390 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  27.87 
 
 		 182 aa  47.4  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  21.9 
 
 		 388 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 410 aa  46.6  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  42.59 
 
 		 489 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 272 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  30.38 
 
 		 263 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  22.79 
 
 		 387 aa  45.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  22.47 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 262 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38.46 
 
 		 229 aa  44.7  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3859  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 103 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0153162 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 262 aa  44.7  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 490 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  25 
 
 		 386 aa  44.3  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  29.55 
 
 		 289 aa  44.3  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 162 aa  43.9  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  30.3 
 
 		 262 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 478 aa  43.9  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2541  protein of unknown function DUF955  26.27 
 
 		 295 aa  43.5  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.24198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  39.39 
 
 		 129 aa  43.5  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  30.3 
 
 		 262 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 135 aa  43.1  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  43.1  0.008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 359 aa  43.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  43.1  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  43.1  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  31.88 
 
 		 240 aa  43.1  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4196  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 103 aa  43.1  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>