105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_2285 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  100 
 
 		 425 aa  878    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  56.35 
 
 		 438 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  49.39 
 
 		 418 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  49.39 
 
 		 418 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  47.37 
 
 		 436 aa  311  2e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  39.19 
 
 		 549 aa  303  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  45.4 
 
 		 483 aa  285  9e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  40.46 
 
 		 412 aa  230  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  38.19 
 
 		 398 aa  229  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.57 
 
 		 429 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  41.2 
 
 		 417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  40.3 
 
 		 385 aa  196  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  35.4 
 
 		 419 aa  188  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  35.5 
 
 		 375 aa  172  7.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  35.65 
 
 		 416 aa  166  5e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.42 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  28.74 
 
 		 422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  34.23 
 
 		 430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 447 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  40.91 
 
 		 412 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 		 440 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.7 
 
 		 412 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  31.29 
 
 		 451 aa  127  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 415 aa  126  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.64 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 397 aa  117  6e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 432 aa  111  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  41.1 
 
 		 401 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 416 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  23.47 
 
 		 485 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  29.57 
 
 		 453 aa  103  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  25.76 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.06 
 
 		 428 aa  103  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.31 
 
 		 620 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.38 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  24.55 
 
 		 424 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  32.03 
 
 		 411 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  32.03 
 
 		 411 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.72 
 
 		 538 aa  95.5  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  24.14 
 
 		 404 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.61 
 
 		 390 aa  94  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.05 
 
 		 471 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  37.8 
 
 		 434 aa  90.9  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.75 
 
 		 471 aa  87  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.42 
 
 		 378 aa  83.6  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.42 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.08 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 412 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.32 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.2 
 
 		 438 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  33.33 
 
 		 364 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  34.75 
 
 		 846 aa  76.6  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 		 561 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.86 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  24.5 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.83 
 
 		 469 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  32.08 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  25.31 
 
 		 285 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  27.32 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  28.8 
 
 		 479 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  31.06 
 
 		 463 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  29.66 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  32.47 
 
 		 649 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  22.26 
 
 		 420 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  25.52 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  28.4 
 
 		 575 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.49 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.67 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  21.24 
 
 		 371 aa  60.5  0.00000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 564 aa  60.1  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  22.71 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  25.24 
 
 		 487 aa  58.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  23.64 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  23.6 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  28.05 
 
 		 577 aa  58.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  21.41 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  28.8 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.78 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 595 aa  57  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.37 
 
 		 435 aa  55.8  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  20.89 
 
 		 417 aa  55.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.76 
 
 		 565 aa  55.5  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.41 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  26.82 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  19.93 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  20.81 
 
 		 423 aa  52.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  20.81 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.24 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  28 
 
 		 597 aa  50.4  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 		 427 aa  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  21.88 
 
 		 411 aa  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.32 
 
 		 400 aa  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  24.17 
 
 		 374 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  20.22 
 
 		 419 aa  47  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.76 
 
 		 401 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>