More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1142 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  100 
 
 
228 aa  473  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  68.7 
 
 
230 aa  335  4e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  69.13 
 
 
230 aa  333  9e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.83 
 
 
235 aa  333  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.88 
 
 
229 aa  243  2e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  52.86 
 
 
229 aa  243  2e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  52.19 
 
 
228 aa  238  6e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.32 
 
 
228 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.12 
 
 
224 aa  234  1e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.34 
 
 
229 aa  231  9e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.35 
 
 
230 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.11 
 
 
224 aa  221  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.02 
 
 
230 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.02 
 
 
230 aa  219  4e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  47.58 
 
 
230 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  47.77 
 
 
238 aa  216  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.58 
 
 
230 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.37 
 
 
242 aa  216  3e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.43 
 
 
225 aa  214  1e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.33 
 
 
224 aa  212  4e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  47.77 
 
 
226 aa  207  9e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.64 
 
 
238 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  44.69 
 
 
237 aa  206  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  45.29 
 
 
224 aa  196  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.5 
 
 
223 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  44.2 
 
 
232 aa  190  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  45.63 
 
 
209 aa  188  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 
279 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  46.63 
 
 
178 aa  169  4e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.35 
 
 
322 aa  110  2e-23  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
314 aa  104  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
323 aa  103  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.86 
 
 
300 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
305 aa  99.8  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0783  pseudouridine synthase, RluD  31.36 
 
 
323 aa  99  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.18 
 
 
300 aa  99  5e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  34.03 
 
 
298 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  35.75 
 
 
329 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.84 
 
 
302 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.08 
 
 
348 aa  95.5  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  30.67 
 
 
343 aa  95.5  6e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 
331 aa  95.5  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  33.49 
 
 
300 aa  95.5  6e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  33.51 
 
 
298 aa  95.1  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.86 
 
 
226 aa  95.1  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.78 
 
 
338 aa  94.7  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 
346 aa  94.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.65 
 
 
306 aa  93.6  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.65 
 
 
320 aa  93.6  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  2.85325e-09 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  31.82 
 
 
306 aa  94  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  32.41 
 
 
323 aa  94  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  30.58 
 
 
304 aa  93.2  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 
347 aa  93.2  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  32.83 
 
 
356 aa  93.2  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.98 
 
 
304 aa  92.8  4e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 
318 aa  92.8  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  33.19 
 
 
383 aa  92.8  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  32.57 
 
 
332 aa  92.4  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.37 
 
 
316 aa  92  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.22 
 
 
304 aa  92.4  6e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.16198e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.42 
 
 
350 aa  92  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  29.33 
 
 
258 aa  91.7  1e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  28.05 
 
 
306 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0639  pseudouridine synthase, RluA family  32.06 
 
 
326 aa  91.3  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
303 aa  91.3  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
295 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  33.51 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  29.65 
 
 
295 aa  90.9  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.56 
 
 
323 aa  90.9  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
560 aa  90.5  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  31.98 
 
 
323 aa  90.5  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 
296 aa  90.9  2e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 
322 aa  90.5  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  32.79 
 
 
354 aa  90.1  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32.32 
 
 
305 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 
297 aa  90.1  3e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  30.85 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  27.6 
 
 
306 aa  89.7  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  30.65 
 
 
320 aa  90.1  3e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.41 
 
 
322 aa  89.7  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  28.35 
 
 
299 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  30.99 
 
 
526 aa  89.7  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  9.64916e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.65 
 
 
303 aa  89.4  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 
344 aa  89  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.54 
 
 
224 aa  89.4  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  31.98 
 
 
240 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.48 
 
 
311 aa  89  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.44 
 
 
296 aa  89  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  30.5 
 
 
234 aa  88.6  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.35 
 
 
318 aa  88.6  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  31.22 
 
 
249 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.66 
 
 
276 aa  88.6  7e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.97 
 
 
341 aa  88.6  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.71 
 
 
368 aa  88.6  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
293 aa  88.2  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  31.74 
 
 
318 aa  88.6  8e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 
322 aa  88.2  9e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  31.79 
 
 
224 aa  88.2  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  29.55 
 
 
228 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.35 
 
 
224 aa  87.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>