More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1328 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  100 
 
 
238 aa  494  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  52.49 
 
 
230 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  47.77 
 
 
228 aa  216  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.67 
 
 
229 aa  213  2e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.65 
 
 
224 aa  205  7e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.93 
 
 
235 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.85 
 
 
224 aa  201  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  47.06 
 
 
230 aa  201  1e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.53 
 
 
225 aa  199  4e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.5 
 
 
224 aa  196  2e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.76 
 
 
242 aa  196  2e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  47.6 
 
 
226 aa  196  2e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.54 
 
 
232 aa  195  4e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  43.69 
 
 
237 aa  195  5e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  45.7 
 
 
230 aa  195  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.14 
 
 
229 aa  193  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  47.14 
 
 
230 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.7 
 
 
230 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.14 
 
 
230 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.26 
 
 
230 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.41 
 
 
228 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.7 
 
 
223 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.98 
 
 
228 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  47.77 
 
 
224 aa  188  6e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  42.92 
 
 
238 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  44.05 
 
 
229 aa  184  1e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  51.32 
 
 
209 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  39.38 
 
 
279 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  45.74 
 
 
178 aa  156  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
215 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  36.76 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.63 
 
 
221 aa  95.9  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  30.56 
 
 
299 aa  95.5  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  32.51 
 
 
302 aa  95.5  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.41 
 
 
215 aa  95.1  9e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  36.41 
 
 
215 aa  95.1  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  29.86 
 
 
299 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  30.74 
 
 
383 aa  94  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.26 
 
 
223 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.64 
 
 
307 aa  93.6  3e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.43 
 
 
526 aa  92.8  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  9.64916e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.16 
 
 
560 aa  92.8  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  32.95 
 
 
247 aa  91.7  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  34.91 
 
 
301 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
305 aa  90.1  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32.27 
 
 
525 aa  89.7  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  33.51 
 
 
263 aa  89.7  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.91 
 
 
302 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.51 
 
 
330 aa  89.4  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 
331 aa  89  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.84 
 
 
543 aa  89  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.04 
 
 
306 aa  89  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  30.34 
 
 
332 aa  88.2  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  29.39 
 
 
305 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  30.05 
 
 
304 aa  88.2  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  33.5 
 
 
241 aa  87  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.64 
 
 
217 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.34 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  29.19 
 
 
334 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  28.51 
 
 
299 aa  87.4  2e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  30.29 
 
 
329 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  29.72 
 
 
302 aa  87  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  27.89 
 
 
261 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.5 
 
 
314 aa  86.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  33.14 
 
 
301 aa  86.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  28.23 
 
 
314 aa  86.3  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 
351 aa  86.3  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  32.61 
 
 
307 aa  86.3  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  32.95 
 
 
224 aa  86.3  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  31.76 
 
 
304 aa  86.3  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  31.72 
 
 
250 aa  86.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  34.91 
 
 
299 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  34.68 
 
 
245 aa  86.3  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.35 
 
 
308 aa  85.9  5e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  31.71 
 
 
293 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  30.1 
 
 
222 aa  85.5  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
297 aa  85.1  8e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  34.11 
 
 
233 aa  85.5  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  29.49 
 
 
285 aa  85.1  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  30.46 
 
 
286 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  32.11 
 
 
314 aa  85.1  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.25 
 
 
244 aa  84.7  1e-15  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  30.54 
 
 
303 aa  84.7  1e-15  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  31.89 
 
 
222 aa  84.3  1e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  29.13 
 
 
234 aa  84.7  1e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.19419e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 
311 aa  84.7  1e-15  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.94 
 
 
315 aa  84.7  1e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  31.47 
 
 
252 aa  84.3  1e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  9.31063e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  27.49 
 
 
266 aa  84.3  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  30.85 
 
 
362 aa  84.7  1e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.79 
 
 
214 aa  84.3  1e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 
299 aa  84.7  1e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.78 
 
 
368 aa  84.7  1e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  30.51 
 
 
343 aa  84.3  2e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  30.08 
 
 
344 aa  83.6  2e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  30.51 
 
 
303 aa  84.3  2e-15  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.68 
 
 
213 aa  84  2e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 
346 aa  83.6  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  31.95 
 
 
292 aa  84  2e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  32.65 
 
 
326 aa  83.6  2e-15  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>