More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_0745 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  100 
 
 		 326 aa  666    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  85.09 
 
 		 314 aa  558  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  49.57 
 
 		 348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.33 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  43.38 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 293 aa  238  9e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  42.14 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  43.49 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.39 
 
 		 275 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  41.88 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  39.49 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  42.07 
 
 		 301 aa  226  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  43.09 
 
 		 362 aa  224  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  40.58 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 285 aa  222  6e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  43.41 
 
 		 287 aa  219  6e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 287 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 287 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 286 aa  218  1e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  40.63 
 
 		 307 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.28 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  43.13 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  43.97 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  44.49 
 
 		 254 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  34.9 
 
 		 326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  38.06 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 293 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 306 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  35.99 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.42 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  35 
 
 		 309 aa  180  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  33.22 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  44.29 
 
 		 206 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.19 
 
 		 543 aa  89.7  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.99 
 
 		 219 aa  89  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 245 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 		 219 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 		 219 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 		 219 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 		 219 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  34.18 
 
 		 256 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.39 
 
 		 213 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.69 
 
 		 219 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.67 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 233 aa  87.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 264 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.94 
 
 		 206 aa  86.7  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  24.9 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.17 
 
 		 215 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  28.94 
 
 		 206 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 215 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.94 
 
 		 206 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  32.74 
 
 		 204 aa  86.3  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.14 
 
 		 217 aa  86.3  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.18 
 
 		 217 aa  86.3  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  25.33 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  29.84 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.17 
 
 		 217 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  28.92 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  29.84 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  28.92 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  29.44 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  32.65 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  26.09 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  28.92 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  29.31 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.72 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  30.6 
 
 		 219 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.6 
 
 		 219 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.6 
 
 		 219 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.6 
 
 		 219 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  30.6 
 
 		 219 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>