More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4251 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  76.64 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  71.15 
 
 		 307 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  65.55 
 
 		 314 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  57.84 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  53.92 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  56.51 
 
 		 302 aa  312  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  53.69 
 
 		 310 aa  295  9e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  52.23 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  52.08 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  51.99 
 
 		 313 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  53.41 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  54.24 
 
 		 275 aa  280  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  51.26 
 
 		 296 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  50.35 
 
 		 292 aa  262  4.999999999999999e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  49.1 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  48.26 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  49.82 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  49.82 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  47.97 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  45.79 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  45.61 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  45.05 
 
 		 286 aa  232  7.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 285 aa  225  6e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 293 aa  225  7e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.43 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  47.66 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  51.96 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  43 
 
 		 287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  43 
 
 		 287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  36.46 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.94 
 
 		 348 aa  189  4e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  35.99 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  35.99 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  34.49 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 312 aa  182  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 317 aa  182  7e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 326 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.24 
 
 		 254 aa  171  2e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.1 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.25 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  29.58 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  31.76 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  30.13 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.24 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.89 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  30.98 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.55 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  28.48 
 
 		 369 aa  99  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  31.02 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  27.96 
 
 		 336 aa  95.9  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  35.65 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  30.2 
 
 		 350 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  35.21 
 
 		 541 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.57 
 
 		 211 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  29.43 
 
 		 578 aa  92  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  29.55 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  33.18 
 
 		 211 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.73 
 
 		 211 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  31.98 
 
 		 225 aa  89.7  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  31.71 
 
 		 211 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.77 
 
 		 217 aa  89.4  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  28.35 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  33.49 
 
 		 211 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 222 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.5 
 
 		 543 aa  88.2  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  33.02 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  33.18 
 
 		 215 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 215 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 331 aa  86.3  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 211 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  31.74 
 
 		 226 aa  85.5  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  30.51 
 
 		 310 aa  85.9  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  35.36 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  30.57 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.36 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>