More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_08910 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  100 
 
 		 316 aa  618  1e-176  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  46.1 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  36.42 
 
 		 326 aa  183  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 286 aa  182  6e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  44.51 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  38.71 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.99 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.57 
 
 		 348 aa  155  6e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.02 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  36.31 
 
 		 362 aa  152  5.9999999999999996e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  34.94 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  36.69 
 
 		 314 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  37.92 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  36.03 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  36.39 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  34.2 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  33.75 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  32 
 
 		 312 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  32.51 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  33.55 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  36.67 
 
 		 275 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  33.55 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  33.69 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  31.85 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  32.86 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  34.94 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 313 aa  122  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  32.95 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  32.45 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.24 
 
 		 218 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.91 
 
 		 214 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  38.77 
 
 		 204 aa  109  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 221 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 223 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 217 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.41 
 
 		 217 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.44 
 
 		 213 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  34.21 
 
 		 567 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 566 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  35.55 
 
 		 574 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  35.59 
 
 		 215 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 574 aa  99.4  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 574 aa  99.4  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 593 aa  99  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 574 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 233 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  35.07 
 
 		 574 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  31.71 
 
 		 579 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 219 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 256 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 217 aa  96.7  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 561 aa  96.7  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 572 aa  95.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  33.61 
 
 		 235 aa  95.1  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.37 
 
 		 223 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  33.62 
 
 		 207 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 206 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.62 
 
 		 206 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 567 aa  94.7  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  34.51 
 
 		 570 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 223 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.62 
 
 		 206 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  32.53 
 
 		 224 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 215 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 215 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>