More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_1777 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  76.64 
 
 		 305 aa  474  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  71.15 
 
 		 307 aa  437  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  66.56 
 
 		 314 aa  401  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  57.24 
 
 		 303 aa  338  5e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  54.61 
 
 		 302 aa  328  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  56.85 
 
 		 302 aa  326  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  55.93 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  51.92 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  53.38 
 
 		 313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  52.67 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  53.68 
 
 		 275 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  51.94 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 293 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 292 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  49.66 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  49.13 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  47.33 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  47.31 
 
 		 299 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.28 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 294 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  43.94 
 
 		 293 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  45.18 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 326 aa  228  8e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  43.54 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  43.28 
 
 		 314 aa  222  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  45.88 
 
 		 362 aa  221  9e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  41.72 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  44.9 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  44.06 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  56.61 
 
 		 206 aa  202  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  46.02 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  44.6 
 
 		 287 aa  193  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 312 aa  192  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.54 
 
 		 348 aa  188  8e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  43.9 
 
 		 287 aa  188  1e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  43.9 
 
 		 287 aa  188  1e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.4 
 
 		 254 aa  186  4e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  35.69 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.87 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.55 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.65 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  31.08 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  30.74 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  36.02 
 
 		 225 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  29.29 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 217 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 219 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 219 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 219 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 219 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 		 369 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.24 
 
 		 543 aa  94  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 219 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  29.23 
 
 		 323 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  30.31 
 
 		 338 aa  93.6  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  26.28 
 
 		 336 aa  93.6  4e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  31.25 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  36.16 
 
 		 219 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  29.23 
 
 		 323 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  36.45 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 219 aa  92.8  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  29.34 
 
 		 318 aa  92.4  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 226 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  33.65 
 
 		 211 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  32.86 
 
 		 225 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 219 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.04 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  33.94 
 
 		 225 aa  89.4  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.63 
 
 		 221 aa  89.4  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  30.6 
 
 		 241 aa  89  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 		 331 aa  89  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.87 
 
 		 211 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>