More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2937 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  80.41 
 
 		 303 aa  485  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  60 
 
 		 302 aa  358  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  60.63 
 
 		 303 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  60.14 
 
 		 307 aa  332  5e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  58.31 
 
 		 314 aa  330  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  58.5 
 
 		 310 aa  328  7e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  56.85 
 
 		 304 aa  326  3e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  56.51 
 
 		 305 aa  312  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  55.4 
 
 		 293 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  56.69 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  53.47 
 
 		 301 aa  288  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  57.78 
 
 		 275 aa  285  7e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  52.67 
 
 		 296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  56.23 
 
 		 294 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 292 aa  262  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 306 aa  255  8e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  46.18 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.94 
 
 		 293 aa  247  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  46.95 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  44.82 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.67 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  43.24 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  43.43 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  43.49 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 303 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  43.3 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  42.07 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 305 aa  234  9e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  45.36 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.79 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.12 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  38.41 
 
 		 312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  41.58 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  53.93 
 
 		 206 aa  192  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  46.82 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  42.25 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.77 
 
 		 254 aa  179  4.999999999999999e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 287 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  37.63 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 287 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.27 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.94 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  28.67 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.89 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  27.45 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.89 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  28.78 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  28.96 
 
 		 425 aa  89.4  7e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  29.72 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  28.38 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  31.98 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  36.49 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  25.4 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8859  predicted protein  30.95 
 
 		 168 aa  81.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00776718  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  29.15 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.35 
 
 		 541 aa  79  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  27.81 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  28.14 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  29.75 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.38 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.26 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  29.18 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  27.6 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  29.69 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_14067  predicted protein  33.16 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.952518  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  28.91 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.17 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  31.07 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  28.91 
 
 		 211 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32.88 
 
 		 525 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  28.82 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  33.16 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  30.05 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>