More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1212 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  100 
 
 		 299 aa  615  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  50.52 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  49.66 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  49 
 
 		 310 aa  277  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 307 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 302 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  47.97 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  49.47 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  48.44 
 
 		 293 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 314 aa  252  4.0000000000000004e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  48.89 
 
 		 275 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 292 aa  243  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  44.93 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 313 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  43.06 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  45.77 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  42.56 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  43.39 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  46.29 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  44.95 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  43.21 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.59 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  46.63 
 
 		 206 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  38.23 
 
 		 362 aa  185  9e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  37 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.53 
 
 		 254 aa  175  8e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.03 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  35.91 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  40.76 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  34.36 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.13 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.25 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  27.96 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  29.07 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  30.54 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  28.75 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  28.16 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  27.9 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  29.25 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.2 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  29.55 
 
 		 541 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  26.76 
 
 		 331 aa  84.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  29.96 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.32 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  28 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  26.76 
 
 		 623 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.15 
 
 		 369 aa  82.8  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  29.82 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  30.48 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.15 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  27.92 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  29.58 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  31.66 
 
 		 364 aa  79.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  29.68 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  27.57 
 
 		 585 aa  78.2  0.0000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  32.3 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  27.8 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.37 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  28.37 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_14067  predicted protein  28.05 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.952518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  30.63 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  32 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  28.71 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  28.96 
 
 		 344 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>