More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1330 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  91.81 
 
 		 293 aa  551  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  62.12 
 
 		 293 aa  374  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  49.83 
 
 		 303 aa  288  9e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  47 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 326 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  45.14 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  44.14 
 
 		 312 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 312 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  46.13 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  46.1 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  49.13 
 
 		 293 aa  261  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  48 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 312 aa  259  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  51.25 
 
 		 300 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 305 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  44.52 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 308 aa  255  8e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  44.52 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  50.36 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  51.27 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  49.82 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  49.65 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  44.82 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  48.78 
 
 		 294 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  46.26 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  48.43 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  48.78 
 
 		 294 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  49.27 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  44.93 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  39.49 
 
 		 326 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  43.54 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 314 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  39.14 
 
 		 314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  47.45 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 310 aa  216  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.12 
 
 		 348 aa  192  5e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 362 aa  189  7e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.78 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  50 
 
 		 206 aa  182  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  40.07 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  37.15 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.15 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  35.51 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  36.54 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  35.77 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.47 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.59 
 
 		 254 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.51 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  26.86 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  28.14 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  25.98 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 211 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 211 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  25.75 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  27.78 
 
 		 623 aa  92.8  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  25.45 
 
 		 303 aa  92.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  27.54 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  25.75 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.69 
 
 		 211 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  27.87 
 
 		 345 aa  85.9  8e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  30.48 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  30.13 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.7 
 
 		 330 aa  82  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  23.55 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  33.17 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 		 325 aa  82  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 215 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.12 
 
 		 543 aa  82  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 215 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  25.43 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.88 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10250  predicted protein  29.22 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0592029  normal  0.114227 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  23.79 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.45 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  28.78 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  28.16 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  30.19 
 
 		 548 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  25.1 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>