More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0058 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  100 
 
 
286 aa  571  1e-162  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  65.05 
 
 
291 aa  353  2e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  57.83 
 
 
302 aa  273  3e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  52.96 
 
 
289 aa  262  4e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  52.96 
 
 
289 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  53.43 
 
 
290 aa  262  4e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  52.96 
 
 
289 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  53.28 
 
 
284 aa  261  1e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  52.94 
 
 
279 aa  259  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  51.91 
 
 
287 aa  244  1e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  50.19 
 
 
286 aa  236  3e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  47.19 
 
 
292 aa  234  1e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  47.08 
 
 
303 aa  231  8e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  4.50745e-06 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  46.82 
 
 
298 aa  231  1e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  45.67 
 
 
303 aa  222  5e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  49.43 
 
 
282 aa  217  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  48.53 
 
 
306 aa  215  6e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  47.45 
 
 
306 aa  214  1e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  43.33 
 
 
359 aa  214  2e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  47.73 
 
 
292 aa  209  4e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79401e-13 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  44.94 
 
 
315 aa  209  5e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  47.6 
 
 
293 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  48.3 
 
 
298 aa  200  2e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  43.68 
 
 
275 aa  193  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  40.14 
 
 
336 aa  189  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  40.71 
 
 
356 aa  189  6e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  44.66 
 
 
303 aa  187  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  41.83 
 
 
305 aa  181  9e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  41.61 
 
 
317 aa  175  9e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  39.31 
 
 
292 aa  174  1e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  39.72 
 
 
381 aa  174  2e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  38.73 
 
 
306 aa  171  9e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  47.33 
 
 
278 aa  169  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  44.49 
 
 
274 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  40.98 
 
 
313 aa  157  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  44.5 
 
 
238 aa  145  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  42.7 
 
 
201 aa  120  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  47.41 
 
 
234 aa  110  2e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  36.06 
 
 
225 aa  110  4e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  43.09 
 
 
386 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  48.59 
 
 
271 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  36.79 
 
 
240 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  31.9 
 
 
486 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  35.75 
 
 
389 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  39.29 
 
 
283 aa  94  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.48 
 
 
286 aa  93.6  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  39.33 
 
 
327 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  37.5 
 
 
342 aa  93.6  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  36.76 
 
 
342 aa  92.4  7e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  34.62 
 
 
365 aa  92.4  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  33.05 
 
 
376 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  30.99 
 
 
511 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  36.99 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.11 
 
 
487 aa  84.7  2e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.11 
 
 
487 aa  84.7  2e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  32.12 
 
 
519 aa  83.6  4e-15  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  35.48 
 
 
281 aa  83.2  5e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.05 
 
 
371 aa  82  9e-15  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  30.98 
 
 
267 aa  80.5  3e-14  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  33.51 
 
 
198 aa  79.7  5e-14  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  30.4 
 
 
554 aa  79.3  7e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  32.98 
 
 
198 aa  79  8e-14  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  34.84 
 
 
342 aa  78.2  1e-13  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  37.93 
 
 
224 aa  77.8  2e-13  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  33.15 
 
 
569 aa  77.4  3e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  34.46 
 
 
284 aa  76.6  4e-13  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  29.63 
 
 
227 aa  76.6  5e-13  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  37.25 
 
 
248 aa  76.3  6e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  9.93388e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.66 
 
 
360 aa  76.3  6e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  39.67 
 
 
224 aa  75.9  8e-13  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  42.22 
 
 
226 aa  75.9  8e-13  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  38.52 
 
 
369 aa  74.7  1e-12  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  31.66 
 
 
198 aa  74.3  2e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  33.15 
 
 
579 aa  74.3  2e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.67 
 
 
396 aa  73.9  3e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.25 
 
 
236 aa  73.9  3e-12  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  34.31 
 
 
219 aa  73.6  4e-12  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.02271e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.52 
 
 
358 aa  73.6  4e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  34.78 
 
 
223 aa  72.8  5e-12  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  30.21 
 
 
205 aa  73.2  5e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2815  rhomboid family protein  32.34 
 
 
241 aa  72.8  6e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.906786 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  33.93 
 
 
228 aa  72.8  6e-12  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  3.48789e-06  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  37.24 
 
 
356 aa  72.8  7e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  35.77 
 
 
190 aa  72.4  8e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  32.24 
 
 
556 aa  72.4  8e-12  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  35.53 
 
 
235 aa  72.4  9e-12  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  43.1 
 
 
209 aa  72.4  9e-12  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  35.53 
 
 
235 aa  72.4  9e-12  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  34.08 
 
 
190 aa  71.2  2e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  34.08 
 
 
190 aa  71.2  2e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  38.46 
 
 
489 aa  70.9  3e-11  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  32.72 
 
 
268 aa  70.5  3e-11  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  30.34 
 
 
541 aa  70.1  4e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  41.3 
 
 
360 aa  70.1  4e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  37.04 
 
 
190 aa  69.7  5e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  37.04 
 
 
190 aa  69.7  5e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  37.04 
 
 
190 aa  69.7  5e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  25.56 
 
 
362 aa  68.2  1e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  37.76 
 
 
234 aa  68.9  1e-10  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  28.21 
 
 
360 aa  67.8  2e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>