More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_35190 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  100 
 
 		 737 aa  1467    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  50.68 
 
 		 714 aa  657    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  37.33 
 
 		 696 aa  434  1e-120  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  37.69 
 
 		 699 aa  435  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  38 
 
 		 705 aa  420  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 708 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  35.13 
 
 		 703 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  35.13 
 
 		 703 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  34.16 
 
 		 706 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 712 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  34.92 
 
 		 821 aa  360  4e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  36.1 
 
 		 737 aa  353  5e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.15 
 
 		 704 aa  351  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  33.15 
 
 		 704 aa  351  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  33.15 
 
 		 704 aa  350  4e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  32.6 
 
 		 705 aa  344  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  35.26 
 
 		 752 aa  342  2e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  34.17 
 
 		 759 aa  337  7e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  38.54 
 
 		 659 aa  335  1e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  36.45 
 
 		 717 aa  335  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  35.19 
 
 		 685 aa  328  2.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  37.1 
 
 		 603 aa  306  7e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  29.99 
 
 		 683 aa  305  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  32.93 
 
 		 711 aa  296  7e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  32.56 
 
 		 687 aa  277  6e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 662 aa  272  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.83 
 
 		 696 aa  271  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  36.24 
 
 		 679 aa  266  8e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  32.25 
 
 		 716 aa  260  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.56 
 
 		 690 aa  246  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  31.24 
 
 		 673 aa  245  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  28.69 
 
 		 710 aa  162  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.81 
 
 		 697 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 809 aa  157  7e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  30.37 
 
 		 700 aa  153  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  29.98 
 
 		 734 aa  151  3e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.92 
 
 		 712 aa  147  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 695 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  26.45 
 
 		 695 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  26.69 
 
 		 663 aa  120  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  22.92 
 
 		 819 aa  120  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  32.14 
 
 		 601 aa  109  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.18 
 
 		 815 aa  106  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  32.83 
 
 		 615 aa  103  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  29.74 
 
 		 619 aa  100  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  32.29 
 
 		 612 aa  99.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.59 
 
 		 625 aa  96.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  21.98 
 
 		 564 aa  97.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  26.63 
 
 		 610 aa  96.3  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.95 
 
 		 1107 aa  95.1  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  27.91 
 
 		 632 aa  94  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  22.64 
 
 		 613 aa  91.3  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  26.91 
 
 		 616 aa  91.3  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  27.74 
 
 		 607 aa  89.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  30.42 
 
 		 593 aa  88.2  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.62 
 
 		 666 aa  88.2  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  24.21 
 
 		 671 aa  86.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  30 
 
 		 619 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  22.18 
 
 		 616 aa  85.9  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  23.11 
 
 		 1141 aa  84.3  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 708 aa  80.9  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  25.17 
 
 		 1142 aa  79.3  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  25.39 
 
 		 712 aa  78.6  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 508 aa  77.8  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  29.65 
 
 		 465 aa  76.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 702 aa  75.1  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  29.05 
 
 		 1060 aa  74.3  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 		 876 aa  72.8  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.82 
 
 		 772 aa  73.2  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 1244 aa  72.4  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.79 
 
 		 932 aa  72  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  26.94 
 
 		 697 aa  71.6  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.38 
 
 		 689 aa  71.6  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.6 
 
 		 729 aa  71.2  0.00000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.27 
 
 		 694 aa  71.2  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.1 
 
 		 1089 aa  70.9  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  22.47 
 
 		 715 aa  70.9  0.00000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.65 
 
 		 833 aa  70.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.75 
 
 		 710 aa  69.7  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 1050 aa  69.7  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 		 678 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  25 
 
 		 587 aa  69.3  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 726 aa  69.3  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1726  UvrD/REP helicase  34.32 
 
 		 593 aa  68.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.11 
 
 		 730 aa  68.6  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.11 
 
 		 730 aa  68.6  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  25.06 
 
 		 1143 aa  68.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  21.83 
 
 		 699 aa  68.2  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  24.77 
 
 		 1143 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 682 aa  68.2  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  21.9 
 
 		 807 aa  68.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  29.84 
 
 		 1127 aa  68.2  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3496  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 717 aa  67  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.269632  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  22.2 
 
 		 515 aa  66.6  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.42 
 
 		 786 aa  66.2  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  22.45 
 
 		 724 aa  66.6  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4251  UvrD/REP helicase  22.68 
 
 		 715 aa  66.6  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  27.96 
 
 		 697 aa  65.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  24.57 
 
 		 726 aa  65.5  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.24 
 
 		 784 aa  65.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>