More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2446 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  47.29 
 
 		 1143 aa  956    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1141 aa  2330    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  47.95 
 
 		 1143 aa  1037    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  69.45 
 
 		 1142 aa  1521    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  36.16 
 
 		 1112 aa  551  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1202  UvrD/REP helicase  33.84 
 
 		 1112 aa  429  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  30.17 
 
 		 1177 aa  350  1e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 1180 aa  345  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4751  UvrD/REP helicase family protein  30.82 
 
 		 907 aa  318  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.736825  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.02 
 
 		 773 aa  217  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.42 
 
 		 785 aa  216  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.94 
 
 		 748 aa  216  1.9999999999999998e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.03 
 
 		 754 aa  215  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.63 
 
 		 732 aa  213  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  28.81 
 
 		 783 aa  213  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.47 
 
 		 755 aa  213  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.57 
 
 		 730 aa  213  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.66 
 
 		 745 aa  212  3e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  30.15 
 
 		 688 aa  212  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 769 aa  212  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.49 
 
 		 783 aa  212  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.75 
 
 		 765 aa  210  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.35 
 
 		 797 aa  210  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  30.96 
 
 		 744 aa  209  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  28.97 
 
 		 705 aa  210  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  29.49 
 
 		 726 aa  209  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.03 
 
 		 730 aa  209  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.69 
 
 		 729 aa  209  3e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.03 
 
 		 730 aa  209  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.88 
 
 		 757 aa  208  5e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.41 
 
 		 737 aa  207  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.73 
 
 		 758 aa  207  9e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.7 
 
 		 766 aa  207  9e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.22 
 
 		 857 aa  207  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 757 aa  207  1e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  29.2 
 
 		 755 aa  206  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.91 
 
 		 713 aa  206  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.14 
 
 		 763 aa  205  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.85 
 
 		 715 aa  205  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  29.56 
 
 		 678 aa  204  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 751 aa  204  7e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.85 
 
 		 731 aa  204  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  27.69 
 
 		 749 aa  203  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 751 aa  203  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  31.89 
 
 		 797 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  32.05 
 
 		 797 aa  203  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.28 
 
 		 671 aa  203  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.22 
 
 		 757 aa  202  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  28.71 
 
 		 790 aa  202  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.16 
 
 		 858 aa  202  3.9999999999999996e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.46 
 
 		 718 aa  202  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.93 
 
 		 806 aa  202  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.63 
 
 		 726 aa  201  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 682 aa  201  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.86 
 
 		 753 aa  200  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.32 
 
 		 694 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.51 
 
 		 781 aa  199  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.55 
 
 		 833 aa  199  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 		 724 aa  200  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.36 
 
 		 706 aa  199  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.9 
 
 		 772 aa  199  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.1 
 
 		 759 aa  199  3e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  28.45 
 
 		 787 aa  199  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.53 
 
 		 762 aa  199  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  28.45 
 
 		 787 aa  199  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  28.71 
 
 		 793 aa  199  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  28.45 
 
 		 787 aa  199  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  28.45 
 
 		 787 aa  199  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.94 
 
 		 787 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  28.22 
 
 		 786 aa  198  4.0000000000000005e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 		 840 aa  199  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  28.31 
 
 		 787 aa  198  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.85 
 
 		 788 aa  197  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 787 aa  197  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.88 
 
 		 747 aa  197  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  28.49 
 
 		 762 aa  197  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  29.74 
 
 		 737 aa  197  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 753 aa  197  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.87 
 
 		 729 aa  197  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.8 
 
 		 858 aa  197  1e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.59 
 
 		 831 aa  197  1e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.86 
 
 		 751 aa  196  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  26.86 
 
 		 753 aa  196  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  26.86 
 
 		 751 aa  196  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.87 
 
 		 781 aa  196  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.86 
 
 		 751 aa  196  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  26.6 
 
 		 807 aa  196  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  26.36 
 
 		 731 aa  195  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.25 
 
 		 818 aa  196  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 		 735 aa  195  4e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 738 aa  195  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 747 aa  195  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.31 
 
 		 741 aa  195  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.56 
 
 		 786 aa  195  5e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  28.04 
 
 		 787 aa  194  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.86 
 
 		 751 aa  194  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  26.99 
 
 		 735 aa  194  6e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.86 
 
 		 747 aa  194  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  28.19 
 
 		 846 aa  194  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.71 
 
 		 768 aa  194  8e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>