223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0446 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0446  permease  100 
 
 		 433 aa  863    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  74 
 
 		 474 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  75.58 
 
 		 461 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  80.59 
 
 		 423 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  63.94 
 
 		 496 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  63.24 
 
 		 501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  63.98 
 
 		 500 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  62.65 
 
 		 511 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  62.67 
 
 		 513 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  64.79 
 
 		 497 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  63.86 
 
 		 495 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  63.71 
 
 		 503 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  64.52 
 
 		 491 aa  569  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  62.11 
 
 		 510 aa  560  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  60.59 
 
 		 509 aa  550  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  63.15 
 
 		 490 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  46.31 
 
 		 391 aa  303  5.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  42.79 
 
 		 365 aa  299  5e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  43.26 
 
 		 366 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  39.05 
 
 		 451 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  38.77 
 
 		 402 aa  253  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  37.3 
 
 		 475 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  37.76 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  33.57 
 
 		 363 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  33.41 
 
 		 367 aa  209  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  49.38 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  47.53 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  48.53 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2651  permease  52.6 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371621 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  43.05 
 
 		 352 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  47.97 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  47.14 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  50.39 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  33.17 
 
 		 620 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3596  hypothetical protein  24.93 
 
 		 373 aa  96.3  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  24.73 
 
 		 356 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05267  hypothetical protein  25.89 
 
 		 378 aa  91.3  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0503  hypothetical protein  23.94 
 
 		 358 aa  87  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3823  permease  22.87 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2338  permease  22.87 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.677868  normal  0.0877008 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  34.4 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  30.19 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  23.68 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0828  permease  22.36 
 
 		 361 aa  75.1  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000427926  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  22.68 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  21.63 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  24.65 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  22.19 
 
 		 333 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1730  permease, putative  22.38 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.157468  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  35.25 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  33.61 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1544  hypothetical protein  23.43 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000224631  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3654  permease  25.56 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0586592 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1748  permease  20.95 
 
 		 362 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000179413  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3634  permease  32.12 
 
 		 714 aa  62  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  31.03 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0563  permease  29.29 
 
 		 633 aa  60.1  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  24.31 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1802  permease  20.95 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  24.31 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  26.95 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  33.75 
 
 		 322 aa  59.3  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0523  permease  27.89 
 
 		 373 aa  59.7  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2877  permease  32.59 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1904  permease  31.06 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2907  hypothetical protein  32.17 
 
 		 611 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1479  permease  20.06 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1506  permease  20.06 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1859  permease  30.07 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  hitchhiker  0.00708379 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  33.86 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  29.13 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  30.38 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  29.75 
 
 		 315 aa  57  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0820  hypothetical protein  32.82 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2028  permease  32.67 
 
 		 380 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20090  permease  35.04 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  29.3 
 
 		 354 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  33.33 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0700  permease  30.83 
 
 		 359 aa  56.2  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  27.74 
 
 		 338 aa  55.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0586  capsule polysaccharide transport  34.91 
 
 		 348 aa  55.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2236  permease  32.65 
 
 		 526 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3208  permease  19.84 
 
 		 350 aa  55.1  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.757693  normal  0.643119 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0184  hypothetical protein  33.64 
 
 		 437 aa  55.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2078  permease  32.58 
 
 		 354 aa  54.3  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4946  permease  20.95 
 
 		 341 aa  54.3  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  26.9 
 
 		 308 aa  53.9  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1540  permease  27.16 
 
 		 298 aa  54.3  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000982093  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  31.21 
 
 		 348 aa  53.5  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3199  permease  36.26 
 
 		 370 aa  53.1  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  30.4 
 
 		 318 aa  53.1  0.000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1359  permease  30.83 
 
 		 323 aa  53.1  0.000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  32.46 
 
 		 343 aa  53.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0714  permease  22.93 
 
 		 300 aa  53.1  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.846704  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0665  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF318 domain protein)  20.15 
 
 		 324 aa  52.8  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  28.48 
 
 		 301 aa  53.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  30.83 
 
 		 315 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2120  hypothetical protein  28.3 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.548967  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1904  hypothetical protein  28.3 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000637927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  30 
 
 		 348 aa  52.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>