154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01750 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  100 
 
 		 457 aa  925    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3182  extracellular solute-binding protein family 1  60.52 
 
 		 464 aa  548  1e-155  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0267  extracellular solute-binding protein family 1  57.57 
 
 		 462 aa  530  1e-149  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.39283  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3237  extracellular solute-binding protein family 1  59.27 
 
 		 464 aa  521  1e-146  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  57.97 
 
 		 457 aa  501  1e-141  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7166  alpha-glucoside ABC transporter  48.28 
 
 		 451 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0136035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5758  extracellular solute-binding protein family 1  49.77 
 
 		 498 aa  419  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  0.192043 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3967  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 448 aa  417  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0182057  normal  0.154584 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3587  extracellular solute-binding protein  48.58 
 
 		 447 aa  413  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.69287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  48.43 
 
 		 448 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4648  extracellular solute-binding protein family 1  45.47 
 
 		 448 aa  394  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5152  extracellular solute-binding protein family 1  47.32 
 
 		 482 aa  365  1e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 485 aa  281  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2855  extracellular solute-binding protein  38.28 
 
 		 451 aa  253  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2873  ABC alpha-glucoside transporter, perplasmic substrate-binding protein  36.21 
 
 		 450 aa  250  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0387  extracellular solute-binding protein family 1  35.53 
 
 		 453 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1519  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 450 aa  249  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  0.200847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0355  extracellular solute-binding protein family 1  34.79 
 
 		 453 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1147  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 		 544 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  37.7 
 
 		 424 aa  241  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0292  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 452 aa  240  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1652  putative solute-binding protein 1 family  36.19 
 
 		 452 aa  237  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182094  hitchhiker  0.00000465499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1946  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 		 449 aa  236  9e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3307  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 		 449 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  0.775669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4345  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 		 450 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  34.25 
 
 		 452 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  34.99 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0785  ABC transporter substrate binding protein (alpha-glucoside)  31.93 
 
 		 452 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26130  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.47 
 
 		 448 aa  206  8e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0719829  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  32.2 
 
 		 440 aa  187  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  31.92 
 
 		 455 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  29.62 
 
 		 436 aa  143  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  29.28 
 
 		 442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  28.39 
 
 		 466 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 		 447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2534  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 404 aa  94.4  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.478006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0402  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 447 aa  94  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 		 451 aa  79  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 431 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 435 aa  70.1  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  27.92 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.69 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  32.67 
 
 		 445 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  24.19 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2914  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 440 aa  59.7  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  23.09 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 439 aa  58.9  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 		 446 aa  57.8  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  23.32 
 
 		 434 aa  56.2  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  20.21 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 444 aa  55.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 		 429 aa  55.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 452 aa  55.8  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0998  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 		 451 aa  55.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  21.15 
 
 		 451 aa  55.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 468 aa  55.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3623  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00170169  normal  0.0768086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 445 aa  54.3  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 		 442 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 433 aa  54.3  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 412 aa  54.3  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.89 
 
 		 428 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  20.93 
 
 		 455 aa  53.5  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.63 
 
 		 438 aa  53.5  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0654  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 554 aa  53.1  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  21.95 
 
 		 423 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 		 434 aa  52.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 		 422 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  22.59 
 
 		 432 aa  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 		 440 aa  51.6  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  22.12 
 
 		 495 aa  51.6  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 		 442 aa  51.2  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  21.74 
 
 		 417 aa  51.6  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 415 aa  50.8  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30 
 
 		 428 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  24.73 
 
 		 417 aa  50.4  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 423 aa  50.4  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23850  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.34 
 
 		 484 aa  50.4  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 427 aa  50.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  22.98 
 
 		 448 aa  50.1  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 433 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2576  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 		 614 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 443 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>