78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3307 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2873  ABC alpha-glucoside transporter, perplasmic substrate-binding protein  66.67 
 
 		 450 aa  636    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182804  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3307  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 449 aa  909    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  0.775669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  67.48 
 
 		 452 aa  646    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1519  extracellular solute-binding protein  66.22 
 
 		 450 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  0.200847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4345  extracellular solute-binding protein  64.67 
 
 		 450 aa  630  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1147  extracellular solute-binding protein  64.44 
 
 		 544 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2855  extracellular solute-binding protein  63.64 
 
 		 451 aa  612  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1652  putative solute-binding protein 1 family  65.93 
 
 		 452 aa  604  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182094  hitchhiker  0.00000465499 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0785  ABC transporter substrate binding protein (alpha-glucoside)  63.5 
 
 		 452 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0292  extracellular solute-binding protein  64.38 
 
 		 452 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0355  extracellular solute-binding protein family 1  63.8 
 
 		 453 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0387  extracellular solute-binding protein family 1  62.69 
 
 		 453 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1946  extracellular solute-binding protein  64.32 
 
 		 449 aa  571  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  42.89 
 
 		 485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  41.69 
 
 		 432 aa  325  9e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  38.19 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7166  alpha-glucoside ABC transporter  36 
 
 		 451 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0136035 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3587  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 447 aa  260  4e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.69287  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3182  extracellular solute-binding protein family 1  40.24 
 
 		 464 aa  256  5e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0267  extracellular solute-binding protein family 1  39.49 
 
 		 462 aa  255  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.39283  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  38.57 
 
 		 440 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3967  extracellular solute-binding protein  36.39 
 
 		 448 aa  253  5.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0182057  normal  0.154584 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26130  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.52 
 
 		 448 aa  247  2e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0719829  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5152  extracellular solute-binding protein family 1  36.76 
 
 		 482 aa  246  6.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4648  extracellular solute-binding protein family 1  36.45 
 
 		 448 aa  245  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260895 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  35.71 
 
 		 448 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5758  extracellular solute-binding protein family 1  36.12 
 
 		 498 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  0.192043 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  35.11 
 
 		 457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3237  extracellular solute-binding protein family 1  34.29 
 
 		 464 aa  223  8e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  33.16 
 
 		 444 aa  204  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  33.76 
 
 		 466 aa  195  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  33.74 
 
 		 455 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  32.65 
 
 		 436 aa  188  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  32.65 
 
 		 442 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2534  extracellular solute-binding protein family 1  32.28 
 
 		 404 aa  159  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.478006  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 		 447 aa  159  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0402  extracellular solute-binding protein family 1  29.13 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2234  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 		 441 aa  70.1  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 433 aa  60.8  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 435 aa  60.5  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 452 aa  55.1  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 428 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 431 aa  54.3  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 		 441 aa  53.9  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.62 
 
 		 428 aa  50.8  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 		 429 aa  50.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.28 
 
 		 435 aa  50.1  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 		 445 aa  50.1  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  23.31 
 
 		 434 aa  49.3  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2914  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 		 427 aa  48.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.06 
 
 		 495 aa  47  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26 
 
 		 427 aa  47  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 424 aa  45.8  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 424 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 448 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  22.6 
 
 		 424 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 441 aa  45.8  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2983  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 467 aa  44.3  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.105062 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 440 aa  44.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 		 468 aa  44.3  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 445 aa  43.9  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 435 aa  43.9  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 493 aa  43.9  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 		 424 aa  43.5  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0654  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 554 aa  43.5  0.008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16190  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 401 aa  43.1  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>