87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0292 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0785  ABC transporter substrate binding protein (alpha-glucoside)  75.44 
 
 		 452 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0355  extracellular solute-binding protein family 1  74.61 
 
 		 453 aa  689    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0292  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 452 aa  915    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2855  extracellular solute-binding protein  68.36 
 
 		 451 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0387  extracellular solute-binding protein family 1  73.73 
 
 		 453 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2873  ABC alpha-glucoside transporter, perplasmic substrate-binding protein  68.17 
 
 		 450 aa  631  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182804  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1519  extracellular solute-binding protein  67.95 
 
 		 450 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  0.200847 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  66.67 
 
 		 452 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1147  extracellular solute-binding protein  66.15 
 
 		 544 aa  618  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4345  extracellular solute-binding protein  65.49 
 
 		 450 aa  616  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3307  extracellular solute-binding protein  64.38 
 
 		 449 aa  610  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  0.775669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1652  putative solute-binding protein 1 family  61.05 
 
 		 452 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182094  hitchhiker  0.00000465499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1946  extracellular solute-binding protein  57.65 
 
 		 449 aa  508  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 		 485 aa  330  3e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  42.57 
 
 		 432 aa  320  3e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  40.55 
 
 		 424 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7166  alpha-glucoside ABC transporter  37.14 
 
 		 451 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0136035 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3587  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 447 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.69287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3967  extracellular solute-binding protein  36.08 
 
 		 448 aa  270  4e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0182057  normal  0.154584 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 		 457 aa  266  5.999999999999999e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3182  extracellular solute-binding protein family 1  38.25 
 
 		 464 aa  259  9e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  34.45 
 
 		 448 aa  257  4e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  38.48 
 
 		 440 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0267  extracellular solute-binding protein family 1  36.63 
 
 		 462 aa  250  4e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.39283  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4648  extracellular solute-binding protein family 1  34.4 
 
 		 448 aa  248  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5152  extracellular solute-binding protein family 1  36.12 
 
 		 482 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  36.71 
 
 		 457 aa  240  4e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5758  extracellular solute-binding protein family 1  35.92 
 
 		 498 aa  239  6.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  0.192043 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3237  extracellular solute-binding protein family 1  33.55 
 
 		 464 aa  239  1e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26130  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.22 
 
 		 448 aa  231  2e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0719829  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  33.76 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 466 aa  196  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  32.65 
 
 		 436 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  32.23 
 
 		 455 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  32.23 
 
 		 442 aa  183  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  31.58 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0402  extracellular solute-binding protein family 1  28.54 
 
 		 447 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2534  extracellular solute-binding protein family 1  31.92 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.478006  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2234  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 419 aa  87.8  4e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 		 441 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 435 aa  64.3  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  22.77 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 427 aa  63.5  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.07 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 452 aa  58.5  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  22.9 
 
 		 427 aa  55.1  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 445 aa  54.3  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 415 aa  53.5  0.000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 433 aa  53.5  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  22.88 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 408 aa  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 445 aa  51.6  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  28.93 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 495 aa  51.6  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 454 aa  50.8  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 		 433 aa  50.4  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 451 aa  50.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 		 431 aa  49.3  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 435 aa  49.7  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 424 aa  48.9  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0832  multiple sugar transport system substrate-binding protein  30.18 
 
 		 416 aa  46.6  0.0009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.669088  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 442 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1879  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2914  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 440 aa  45.1  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2855  extracellular solute-binding protein family 1  30.17 
 
 		 483 aa  44.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830086 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.1 
 
 		 426 aa  44.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 		 443 aa  44.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 441 aa  44.7  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  30.94 
 
 		 414 aa  44.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1490  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.86 
 
 		 442 aa  44.3  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.095095  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 440 aa  44.3  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  31.82 
 
 		 462 aa  44.3  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  27.27 
 
 		 410 aa  43.9  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.09 
 
 		 435 aa  43.9  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 424 aa  43.9  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>