More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2573 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  95.71 
 
 		 373 aa  725    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 		 373 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 		 373 aa  696    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 373 aa  752    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  99.73 
 
 		 373 aa  750    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  99.46 
 
 		 373 aa  748    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 		 373 aa  696    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 		 373 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  91.42 
 
 		 373 aa  695    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  77.87 
 
 		 375 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  68.63 
 
 		 380 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  61.02 
 
 		 367 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  61.13 
 
 		 371 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 		 382 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  60.74 
 
 		 381 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  64.78 
 
 		 366 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  60.81 
 
 		 366 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  59.95 
 
 		 365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  58.38 
 
 		 369 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  59.19 
 
 		 366 aa  427  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1356  ABC-2 type transporter  50.66 
 
 		 370 aa  319  3.9999999999999996e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000392503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  44.5 
 
 		 384 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  44.5 
 
 		 384 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  43.95 
 
 		 390 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  43.97 
 
 		 384 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  42.13 
 
 		 379 aa  295  1e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  43.47 
 
 		 374 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  44.03 
 
 		 378 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  40.9 
 
 		 384 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  41.18 
 
 		 378 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  42.82 
 
 		 390 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.0000152274  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  42.82 
 
 		 385 aa  278  8e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  42.48 
 
 		 381 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  43.46 
 
 		 385 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  39.95 
 
 		 378 aa  275  7e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  40.53 
 
 		 376 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  39.62 
 
 		 382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  40.58 
 
 		 369 aa  266  5.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3666  hypothetical protein  43.08 
 
 		 390 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1082  ABC-2 type transport system permease protein  42.02 
 
 		 378 aa  264  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  39.63 
 
 		 388 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  43.3 
 
 		 390 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  39.2 
 
 		 380 aa  256  3e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  40.11 
 
 		 387 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  43.12 
 
 		 368 aa  256  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  41.73 
 
 		 377 aa  255  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  40.43 
 
 		 382 aa  252  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3129  ABC-2 transporter component  41.84 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000316988  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  41.73 
 
 		 377 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  41.91 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  41.41 
 
 		 371 aa  243  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  39.15 
 
 		 369 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  34.81 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  33.69 
 
 		 366 aa  209  4e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  33.87 
 
 		 369 aa  208  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  35.96 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  35.22 
 
 		 376 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  34.78 
 
 		 691 aa  202  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  35.84 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  34.87 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  35.92 
 
 		 376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  36.18 
 
 		 376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  32.2 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  33.76 
 
 		 376 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  31.41 
 
 		 373 aa  190  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  32.55 
 
 		 376 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  32.98 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  31.15 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  31.95 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  33.07 
 
 		 376 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1079  putative ABC transporter ATP-binding protein or permease protein  33.25 
 
 		 375 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  33.6 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  28.46 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  28.2 
 
 		 378 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2726  ABC-2 type transporter  32.51 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  31.43 
 
 		 378 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  31.69 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  34 
 
 		 381 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  32.99 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  31.56 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  32.07 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  27.03 
 
 		 376 aa  170  5e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1420  hypothetical protein  32.17 
 
 		 387 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1046  ABC-2 type transporter  27.89 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  28.8 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  32.73 
 
 		 377 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  29.57 
 
 		 368 aa  160  5e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00590  ABC-2 type transport system hypothetical protein  33.82 
 
 		 380 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0115211  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3224  ABC-2 type transporter  33.51 
 
 		 383 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.13853  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  31.59 
 
 		 385 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3309  ABC-2 type transporter  32.89 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3115  ABC transporter, inner membrane subunit  33.51 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  27.89 
 
 		 368 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  29.95 
 
 		 377 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0112  ABC-2 type transporter  26.69 
 
 		 372 aa  155  8e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0225544  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1491  ABC-2 type transporter  32.29 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  32.05 
 
 		 376 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  31.25 
 
 		 377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1782  ABC-2 type transporter  34.41 
 
 		 364 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.926199  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  31.52 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>