More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3440 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 289 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  96.54 
 
 		 289 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  95.83 
 
 		 289 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  88.93 
 
 		 292 aa  555  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  85.42 
 
 		 289 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 302 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  66.43 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 292 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 292 aa  410  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  65.62 
 
 		 292 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  65.05 
 
 		 290 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 293 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 293 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 289 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  63.32 
 
 		 291 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 289 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  63.19 
 
 		 288 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 288 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 288 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  60.9 
 
 		 290 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  60.55 
 
 		 289 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  60.21 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  60.28 
 
 		 290 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  59.09 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 304 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 298 aa  341  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 298 aa  341  8e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  53.85 
 
 		 298 aa  338  8e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.85 
 
 		 298 aa  338  8e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  333  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 300 aa  310  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  45.39 
 
 		 292 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 326 aa  248  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 335 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.04 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.73 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.89 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.08 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.93 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 331 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.38 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 291 aa  212  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  211  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.58 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 328 aa  208  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 303 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>