254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2087 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 715 aa  1472    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  35.62 
 
 		 706 aa  360  5e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  31.89 
 
 		 707 aa  323  6e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  32.45 
 
 		 698 aa  296  1e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  31.96 
 
 		 696 aa  294  5e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1537  type III restriction enzyme, res subunit  31.42 
 
 		 732 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  31.19 
 
 		 706 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  35.31 
 
 		 493 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  34.3 
 
 		 469 aa  223  9e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  32.97 
 
 		 489 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  32.75 
 
 		 489 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  32.98 
 
 		 492 aa  213  7.999999999999999e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00119  Type III restriction enzyme, res subunit  28.71 
 
 		 744 aa  203  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.431054  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4050  type III restriction protein res subunit  29.25 
 
 		 453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0396258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  28.81 
 
 		 464 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  26.78 
 
 		 449 aa  120  7e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  26.68 
 
 		 385 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  26.01 
 
 		 494 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  27.38 
 
 		 451 aa  107  7e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  26.97 
 
 		 509 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  26.97 
 
 		 509 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  26.68 
 
 		 462 aa  105  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4564  helicase-like  27.25 
 
 		 453 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  27.63 
 
 		 590 aa  103  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  26.17 
 
 		 456 aa  102  3e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 451 aa  100  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  28.84 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  23.82 
 
 		 531 aa  99  3e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  25.69 
 
 		 444 aa  98.6  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  26.17 
 
 		 451 aa  98.2  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  26.04 
 
 		 451 aa  97.8  7e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  28.12 
 
 		 444 aa  97.4  9e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  26.24 
 
 		 517 aa  97.1  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  27.7 
 
 		 479 aa  96.7  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  28.85 
 
 		 440 aa  95.5  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  26.93 
 
 		 491 aa  93.2  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  25.31 
 
 		 654 aa  92  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  26.9 
 
 		 443 aa  92.4  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  26.47 
 
 		 468 aa  90.5  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  26.43 
 
 		 466 aa  89.4  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  26.75 
 
 		 531 aa  88.6  4e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  26.3 
 
 		 470 aa  86.7  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  25.3 
 
 		 652 aa  85.9  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  23.84 
 
 		 647 aa  85.9  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  23.68 
 
 		 479 aa  85.5  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  25.17 
 
 		 488 aa  85.1  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  30.45 
 
 		 1065 aa  84  0.000000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  30.45 
 
 		 1065 aa  84  0.000000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  25.88 
 
 		 466 aa  84  0.000000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3022  type III restriction protein res subunit  24 
 
 		 1597 aa  82.8  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  24.46 
 
 		 551 aa  82  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  24.65 
 
 		 650 aa  80.5  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0451  DNA repair helicase  27.45 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000151647 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3178  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 249 aa  76.3  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  22.62 
 
 		 951 aa  73.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  25.13 
 
 		 666 aa  73.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  23.59 
 
 		 905 aa  72  0.00000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0822  helicase domain-containing protein  27.21 
 
 		 886 aa  70.1  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3146  type III restriction protein res subunit  24.55 
 
 		 630 aa  69.7  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0164842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0358  type III restriction protein res subunit  23.08 
 
 		 843 aa  66.2  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.421793  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.48 
 
 		 633 aa  65.9  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.94 
 
 		 986 aa  61.6  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  23.91 
 
 		 649 aa  61.6  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  22.43 
 
 		 1348 aa  61.2  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0355  type III restriction enzyme, res subunit  23.19 
 
 		 596 aa  60.8  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.098863  normal  0.390536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  23.04 
 
 		 1055 aa  60.8  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  23.04 
 
 		 1055 aa  60.8  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  21.83 
 
 		 593 aa  60.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  23.11 
 
 		 952 aa  60.1  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  23.81 
 
 		 974 aa  59.3  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  24.79 
 
 		 1061 aa  59.3  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  24.13 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  25.84 
 
 		 797 aa  57.4  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  23.3 
 
 		 848 aa  57.4  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  23.04 
 
 		 1055 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  30.61 
 
 		 1418 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  24.72 
 
 		 1077 aa  56.6  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  23.47 
 
 		 815 aa  57  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  23.4 
 
 		 946 aa  57  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  20.76 
 
 		 1053 aa  55.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  24.09 
 
 		 469 aa  56.2  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  22.55 
 
 		 586 aa  56.2  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  22.79 
 
 		 967 aa  56.2  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  21.55 
 
 		 949 aa  56.2  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  23.9 
 
 		 462 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  22.5 
 
 		 469 aa  55.5  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  22.47 
 
 		 591 aa  55.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  23.19 
 
 		 1149 aa  55.5  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  21.55 
 
 		 569 aa  55.5  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  25.37 
 
 		 1058 aa  55.1  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  29.03 
 
 		 811 aa  55.1  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  24.07 
 
 		 574 aa  55.1  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  24.92 
 
 		 1043 aa  55.1  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  21.57 
 
 		 993 aa  54.3  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  20.04 
 
 		 621 aa  54.3  0.000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  21.18 
 
 		 563 aa  54.3  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  22.3 
 
 		 982 aa  53.5  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  20.51 
 
 		 622 aa  53.5  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  25.18 
 
 		 580 aa  53.5  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  27.3 
 
 		 586 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>