90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0358 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0358  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 843 aa  1682    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.421793  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  32.6 
 
 		 951 aa  179  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  27.71 
 
 		 443 aa  95.9  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  23.9 
 
 		 464 aa  95.5  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  28.54 
 
 		 451 aa  95.1  4e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  24.48 
 
 		 385 aa  94  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  26.15 
 
 		 466 aa  91.3  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  25.77 
 
 		 491 aa  90.9  9e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  26.8 
 
 		 466 aa  89.4  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  24.49 
 
 		 551 aa  87  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  25.74 
 
 		 531 aa  87  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  27.51 
 
 		 449 aa  86.7  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  25.89 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  24.42 
 
 		 531 aa  84  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1537  type III restriction enzyme, res subunit  20.8 
 
 		 732 aa  83.2  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  26.14 
 
 		 652 aa  82.4  0.00000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  26.76 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  24.06 
 
 		 494 aa  79  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.11 
 
 		 633 aa  79  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0299  DNA repair helicase RAD25  28.95 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  26.15 
 
 		 444 aa  77  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  23.92 
 
 		 517 aa  75.5  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  28.12 
 
 		 451 aa  75.5  0.000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  24.16 
 
 		 479 aa  75.1  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  20.35 
 
 		 469 aa  74.7  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  25.88 
 
 		 654 aa  74.7  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  27.32 
 
 		 650 aa  74.3  0.000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  24.54 
 
 		 462 aa  73.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  27.63 
 
 		 451 aa  73.6  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3022  type III restriction protein res subunit  21.35 
 
 		 1597 aa  72.4  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 468 aa  72  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  19.95 
 
 		 698 aa  71.6  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  22.59 
 
 		 444 aa  70.1  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  23.41 
 
 		 509 aa  70.1  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  23.41 
 
 		 509 aa  70.1  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  21.6 
 
 		 706 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00119  Type III restriction enzyme, res subunit  20.85 
 
 		 744 aa  69.3  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.431054  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1355  type III restriction protein res subunit  24.8 
 
 		 455 aa  68.6  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.914304  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  23.59 
 
 		 590 aa  68.2  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  25.9 
 
 		 479 aa  67.8  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  24.35 
 
 		 440 aa  66.6  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  23.08 
 
 		 715 aa  66.2  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  25.41 
 
 		 647 aa  65.9  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  19.63 
 
 		 696 aa  65.1  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  22.9 
 
 		 706 aa  65.1  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  26.89 
 
 		 470 aa  64.7  0.000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  22.93 
 
 		 492 aa  64.7  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4564  helicase-like  24.32 
 
 		 453 aa  63.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  22.76 
 
 		 489 aa  59.3  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  22.76 
 
 		 489 aa  58.9  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3146  type III restriction protein res subunit  24.12 
 
 		 630 aa  57.4  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0164842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  26.68 
 
 		 479 aa  56.6  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  23.6 
 
 		 493 aa  56.6  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  26.48 
 
 		 479 aa  55.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1334  superfamily II DNA/RNA helicase  25.79 
 
 		 425 aa  55.1  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000453066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  26.48 
 
 		 479 aa  54.3  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  25.96 
 
 		 479 aa  54.3  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3296  helicase domain-containing protein  29.13 
 
 		 551 aa  52.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.553593 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0822  helicase domain-containing protein  30.43 
 
 		 886 aa  51.6  0.00006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  21.7 
 
 		 504 aa  50.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  34.19 
 
 		 558 aa  50.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3039  type III restriction protein res subunit  31.72 
 
 		 649 aa  47.8  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  32.9 
 
 		 558 aa  47.4  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  30.36 
 
 		 778 aa  47.4  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0485  primosome assembly protein PriA  37.84 
 
 		 730 aa  46.6  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148717 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2498  primosome assembly protein PriA  35.29 
 
 		 733 aa  46.2  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.430233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1614  primosome assembly protein PriA  35.78 
 
 		 754 aa  46.2  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802709  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0248  primosomal protein N'  35.24 
 
 		 731 aa  46.2  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000476665  normal  0.18889 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1322  primosome assembly protein PriA  35.19 
 
 		 725 aa  45.8  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  0.25509 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0725  helicase domain protein  32.68 
 
 		 548 aa  45.4  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.013884  hitchhiker  0.0000273082 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.69 
 
 		 550 aa  45.4  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3946  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 738 aa  45.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0846  type III restriction protein res subunit  32.03 
 
 		 548 aa  45.4  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0849054  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4112  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 739 aa  45.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1100  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 740 aa  45.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.61 
 
 		 558 aa  45.4  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2212  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 730 aa  45.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0560  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 730 aa  45.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.926963  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1225  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 730 aa  44.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.241242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3657  primosome assembly protein PriA  33.33 
 
 		 738 aa  44.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  34.29 
 
 		 734 aa  44.7  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  22.74 
 
 		 761 aa  44.7  0.008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0758  primosome assembly protein PriA  34.91 
 
 		 725 aa  44.7  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14860  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  27.84 
 
 		 1082 aa  44.7  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0912995  normal  0.460369 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8107  helicase domain protein  32.89 
 
 		 548 aa  44.7  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1010  primosome assembly protein PriA  34.91 
 
 		 725 aa  44.7  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5118  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 666 aa  44.3  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2053  primosome assembly protein PriA  34.31 
 
 		 727 aa  44.3  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.785816  normal  0.492845 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0218  primosome assembly protein PriA  34.29 
 
 		 734 aa  44.3  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>