More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0067 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4645  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 
948 aa  636  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  100 
 
 
1021 aa  2094  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.9 
 
 
1042 aa  880  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  41.7 
 
 
931 aa  635  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.9083e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.07 
 
 
1653 aa  399  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
1480 aa  375  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  32.85 
 
 
1135 aa  363  8e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  34.42 
 
 
1014 aa  363  8e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.29 
 
 
1767 aa  361  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.29 
 
 
1767 aa  360  6e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
957 aa  360  9e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.17317e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 
1767 aa  358  2e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
993 aa  358  3e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
916 aa  356  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 
1499 aa  355  3e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.38 
 
 
758 aa  351  4e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.03 
 
 
1040 aa  351  5e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
816 aa  351  5e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  37.25 
 
 
1765 aa  350  7e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
1310 aa  348  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.8 
 
 
1331 aa  347  5e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.35 
 
 
1118 aa  345  2e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 
833 aa  345  3e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
1340 aa  343  7e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1326 aa  343  9e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.66 
 
 
921 aa  343  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.08 
 
 
1468 aa  342  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 
1202 aa  341  3e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1771 aa  341  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1398 aa  341  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.91 
 
 
1786 aa  338  2e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 
1782 aa  339  2e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.02 
 
 
1784 aa  338  3e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.54 
 
 
1442 aa  338  3e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
1765 aa  337  5e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 
812 aa  337  6e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 
1397 aa  336  1e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
990 aa  336  1e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1363 aa  335  2e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  37.52 
 
 
852 aa  335  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
991 aa  334  5e-90  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  35.5 
 
 
1177 aa  334  5e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 
1792 aa  333  9e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.24 
 
 
1768 aa  331  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.23 
 
 
1057 aa  331  5e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
985 aa  330  9e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1548 aa  330  1e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
929 aa  329  1e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  36.43 
 
 
850 aa  329  2e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 
1820 aa  329  2e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  37.11 
 
 
1351 aa  327  8e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
1313 aa  327  8e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
1267 aa  326  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.8 
 
 
923 aa  326  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  32.75 
 
 
861 aa  325  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  38.25 
 
 
1346 aa  323  1e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  38.1 
 
 
977 aa  321  5e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
1245 aa  320  1e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.72 
 
 
1333 aa  319  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.02305e-05 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 
927 aa  319  2e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  35.98 
 
 
1763 aa  318  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  35.74 
 
 
1322 aa  317  5e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  32.79 
 
 
1439 aa  317  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
1611 aa  317  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
950 aa  317  8e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.01 
 
 
2213 aa  317  8e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.26448e-07 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
835 aa  317  1e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  33.33 
 
 
1030 aa  317  1e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
925 aa  316  2e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1782  sensor histidine kinase/response regulator  37.23 
 
 
783 aa  315  2e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
1550 aa  315  3e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0305  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 
967 aa  315  4e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  unclonable  1.33293e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 
1582 aa  314  6e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  2.34203e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
787 aa  313  7e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  37.1 
 
 
785 aa  313  9e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
1305 aa  313  1e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
1284 aa  312  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 
1166 aa  311  6e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  36.44 
 
 
905 aa  310  9e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 
977 aa  310  9e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01579  Response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like protein  37.22 
 
 
891 aa  310  1e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1316 aa  310  1e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  36.85 
 
 
785 aa  309  2e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.51 
 
 
917 aa  309  2e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
782 aa  309  2e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  37.5 
 
 
785 aa  308  2e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
1172 aa  308  2e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  39.15 
 
 
847 aa  308  3e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  35.74 
 
 
765 aa  308  3e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  36.85 
 
 
785 aa  308  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
922 aa  307  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37 
 
 
796 aa  307  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 
1245 aa  307  8e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 
2654 aa  307  8e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  33.7 
 
 
2035 aa  306  1e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.38 
 
 
1240 aa  306  2e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1691  sensor histidine kinase/response regulator GacS  35.51 
 
 
917 aa  305  2e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.96 
 
 
1165 aa  305  2e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1033 aa  305  3e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  34.87 
 
 
1287 aa  305  3e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>