More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3039 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1067 aa  2118    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
818 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
1036 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 
889 aa  479  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.55 
 
 
966 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  48.18 
 
 
1065 aa  457  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.73 
 
 
1065 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.09 
 
 
957 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.25 
 
 
1089 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
1646 aa  432  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.92 
 
 
1651 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.6 
 
 
1631 aa  433  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.18 
 
 
1381 aa  428  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 
1022 aa  422  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 
922 aa  415  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.4 
 
 
941 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  36.01 
 
 
858 aa  413  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.82 
 
 
977 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.96 
 
 
943 aa  407  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  45.47 
 
 
1092 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.47 
 
 
1103 aa  405  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  45.84 
 
 
571 aa  406  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.97 
 
 
964 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  45.47 
 
 
939 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 
1050 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.78 
 
 
573 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  43.6 
 
 
692 aa  399  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.67 
 
 
916 aa  395  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.03 
 
 
695 aa  396  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 
827 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.17 
 
 
1215 aa  393  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.81 
 
 
1095 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
1225 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.67 
 
 
727 aa  386  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  42.81 
 
 
1225 aa  385  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  38.43 
 
 
695 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  40.96 
 
 
695 aa  379  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.93 
 
 
979 aa  375  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.02 
 
 
492 aa  371  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.3 
 
 
727 aa  366  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
998 aa  365  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  44.47 
 
 
537 aa  363  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  40.95 
 
 
646 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  40.88 
 
 
646 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 
949 aa  357  5e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.83 
 
 
812 aa  356  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  31.35 
 
 
949 aa  352  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.76 
 
 
688 aa  352  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.55 
 
 
830 aa  350  8e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
1076 aa  348  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  37.52 
 
 
793 aa  345  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  43.66 
 
 
676 aa  345  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  43.5 
 
 
827 aa  344  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  37.63 
 
 
796 aa  344  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 
943 aa  345  4e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.97 
 
 
1165 aa  344  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  42.5 
 
 
556 aa  343  9e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.36 
 
 
814 aa  342  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.26 
 
 
762 aa  342  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  40.21 
 
 
1086 aa  342  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.85 
 
 
1092 aa  341  5e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  35.53 
 
 
1036 aa  340  7e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.11 
 
 
1057 aa  340  7e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  43.06 
 
 
676 aa  340  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.03 
 
 
999 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.55 
 
 
887 aa  340  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  43.25 
 
 
956 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.72 
 
 
1224 aa  338  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.66 
 
 
1086 aa  337  5.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.91 
 
 
858 aa  336  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 
936 aa  335  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 
810 aa  335  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  42.18 
 
 
847 aa  336  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.29 
 
 
701 aa  335  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.17 
 
 
686 aa  335  3e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
789 aa  335  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.73 
 
 
927 aa  335  4e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  51.19 
 
 
743 aa  334  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
944 aa  333  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 
732 aa  332  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.47 
 
 
625 aa  332  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.68 
 
 
689 aa  332  3e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 
789 aa  331  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 
789 aa  331  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  48.21 
 
 
701 aa  331  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.72 
 
 
890 aa  331  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 
781 aa  331  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  47.8 
 
 
416 aa  330  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.93 
 
 
622 aa  330  8e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.82 
 
 
762 aa  330  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 
548 aa  330  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.75 
 
 
581 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
905 aa  328  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.67 
 
 
864 aa  328  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  43.96 
 
 
573 aa  327  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
951 aa  325  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.98 
 
 
655 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 
807 aa  325  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  43.58 
 
 
529 aa  324  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
845 aa  323  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>