More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3062 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
232 aa  467  1e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  95.69 
 
 
243 aa  457  1e-128  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  49.52 
 
 
226 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
230 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
237 aa  118  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
233 aa  115  4e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.1 
 
 
237 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
227 aa  111  8e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
239 aa  110  2e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 
239 aa  109  4e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 
228 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
239 aa  108  7e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 
228 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  9.77836e-11 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 
224 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
235 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
239 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
239 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
241 aa  104  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29.11 
 
 
239 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 
243 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 
243 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
235 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41213e-05 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
239 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
235 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
235 aa  101  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
226 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.3 
 
 
243 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
235 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
235 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
228 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
239 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  31.91 
 
 
239 aa  99  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
236 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
241 aa  97.1  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
235 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
227 aa  96.3  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  26.27 
 
 
229 aa  95.5  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
230 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
278 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
227 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  30 
 
 
238 aa  92.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  34.13 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
225 aa  92.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  32.41 
 
 
266 aa  92.8  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  31.63 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  31.63 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  31.63 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  31.63 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 
224 aa  89  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.11 
 
 
214 aa  87.8  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.62 
 
 
225 aa  87  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  28.11 
 
 
224 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
225 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.69 
 
 
225 aa  85.5  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
228 aa  85.5  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.26 
 
 
242 aa  85.1  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.94 
 
 
224 aa  85.1  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.54 
 
 
224 aa  84.3  1e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
229 aa  84.7  1e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
237 aa  83.2  3e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.42 
 
 
224 aa  82.8  4e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 
226 aa  82.4  5e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 
234 aa  82.4  5e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 
258 aa  82.4  6e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
258 aa  82.4  6e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
222 aa  82  7e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.27 
 
 
225 aa  81.6  9e-15  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
225 aa  81.3  1e-14  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
260 aa  81.3  1e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.38 
 
 
228 aa  81.3  1e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 
228 aa  81.3  1e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
223 aa  80.5  2e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.47 
 
 
220 aa  80.9  2e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.41 
 
 
226 aa  80.1  2e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
228 aa  80.1  3e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  8.36213e-06 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
230 aa  80.1  3e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
228 aa  80.1  3e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
230 aa  79.3  4e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 
228 aa  79  5e-14  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
225 aa  79.3  5e-14  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30 
 
 
225 aa  79.3  5e-14  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.03 
 
 
225 aa  79  6e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.47 
 
 
226 aa  79  6e-14  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6981  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.78 
 
 
224 aa  78.6  7e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
246 aa  78.6  7e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  26.64 
 
 
247 aa  78.6  8e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 
223 aa  78.6  8e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 
285 aa  78.2  1e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.08 
 
 
226 aa  78.2  1e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.55 
 
 
219 aa  77.8  1e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  30.1 
 
 
236 aa  78.2  1e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
229 aa  78.2  1e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
229 aa  78.2  1e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.01 
 
 
226 aa  77.4  2e-13  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.39 
 
 
225 aa  77  2e-13  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  31.77 
 
 
233 aa  77.4  2e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>