More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4245 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  85.75 
 
 		 410 aa  717    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  81.82 
 
 		 411 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 410 aa  842    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  73.02 
 
 		 404 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  70.69 
 
 		 409 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  69.95 
 
 		 409 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  68.89 
 
 		 409 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  70.23 
 
 		 410 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  70.44 
 
 		 409 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  70.79 
 
 		 407 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  67.19 
 
 		 411 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  66.58 
 
 		 411 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  66.07 
 
 		 411 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 		 410 aa  555  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  64.58 
 
 		 410 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  64.91 
 
 		 410 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  63.01 
 
 		 407 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  61.21 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  59.08 
 
 		 435 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  60.25 
 
 		 405 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.15 
 
 		 415 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  62.89 
 
 		 395 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  59.09 
 
 		 411 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  60.42 
 
 		 406 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  59.01 
 
 		 406 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  57.89 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  56.61 
 
 		 405 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  54.67 
 
 		 401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  54.57 
 
 		 406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  55.7 
 
 		 406 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  53.16 
 
 		 407 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  55.32 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  55.24 
 
 		 403 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  52.96 
 
 		 437 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  51.75 
 
 		 400 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  47.89 
 
 		 407 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  50.66 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  50.25 
 
 		 406 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  48.96 
 
 		 406 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  48.25 
 
 		 406 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.47 
 
 		 409 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.31 
 
 		 399 aa  359  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  41.07 
 
 		 412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  36.19 
 
 		 414 aa  202  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.53 
 
 		 438 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.28 
 
 		 434 aa  186  8e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 		 441 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 		 436 aa  156  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.05 
 
 		 480 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 386 aa  123  5e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.74 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 423 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 386 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  25.46 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.41 
 
 		 517 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 		 377 aa  103  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 377 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 411 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 		 377 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 386 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.86 
 
 		 519 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 368 aa  97.4  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.82 
 
 		 496 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 		 387 aa  97.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 375 aa  96.7  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 401 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 382 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.27 
 
 		 539 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.82 
 
 		 392 aa  93.6  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 390 aa  93.2  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.87 
 
 		 512 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  28.33 
 
 		 447 aa  92  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 		 367 aa  91.3  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 379 aa  90.1  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  25.72 
 
 		 385 aa  90.1  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.59 
 
 		 497 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>