More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0749 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
377 aa  765  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  88.06 
 
 
377 aa  690  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  60.85 
 
 
378 aa  482  1e-135  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  52.37 
 
 
381 aa  413  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  49.47 
 
 
378 aa  387  1e-106  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  48.41 
 
 
378 aa  382  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  47.88 
 
 
378 aa  380  1e-104  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  43.05 
 
 
376 aa  330  3e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 
370 aa  212  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.09 
 
 
365 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
390 aa  208  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.09 
 
 
367 aa  206  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  31.5 
 
 
394 aa  202  1e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  31.91 
 
 
393 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  31.91 
 
 
393 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 
366 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
370 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.55 
 
 
387 aa  191  3e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.04 
 
 
377 aa  186  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.04 
 
 
377 aa  186  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  31.19 
 
 
382 aa  184  2e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  29.77 
 
 
386 aa  183  5e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
385 aa  183  5e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.41 
 
 
367 aa  182  7e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.63 
 
 
386 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
385 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
381 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 
381 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  179  6e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  179  6e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  179  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  179  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 
378 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.33 
 
 
366 aa  177  2e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 
366 aa  178  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.12 
 
 
377 aa  176  4e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
379 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 
381 aa  176  6e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
397 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.21 
 
 
385 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  176  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
379 aa  176  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.59 
 
 
369 aa  174  2e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.39 
 
 
381 aa  174  2e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28 
 
 
367 aa  174  2e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.11 
 
 
385 aa  174  3e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 
374 aa  173  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  29.24 
 
 
374 aa  172  7e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.03 
 
 
385 aa  172  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.58 
 
 
365 aa  171  2e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  27.59 
 
 
366 aa  170  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.23 
 
 
374 aa  170  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.28 
 
 
388 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.2 
 
 
369 aa  168  1e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  3.52181e-08 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.44 
 
 
375 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.82 
 
 
378 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
385 aa  164  2e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 
366 aa  164  2e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.4 
 
 
370 aa  161  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
372 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
376 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 
366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 
366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 
372 aa  160  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
376 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
376 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
376 aa  159  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  28.24 
 
 
376 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 
378 aa  158  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
376 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 
380 aa  159  1e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 
372 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
366 aa  157  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.25 
 
 
372 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 
376 aa  157  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 
374 aa  157  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  28.17 
 
 
376 aa  155  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
376 aa  155  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
372 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
365 aa  154  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
372 aa  154  3e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 
366 aa  153  4e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
376 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
372 aa  153  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
372 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
378 aa  151  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
378 aa  151  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
372 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 
374 aa  150  3e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.75 
 
 
389 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.05 
 
 
372 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
371 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 
367 aa  148  1e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 
367 aa  149  1e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.91 
 
 
365 aa  149  1e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 
367 aa  149  1e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.77 
 
 
376 aa  148  1e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 
373 aa  149  1e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 
367 aa  148  2e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  8.74025e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.56 
 
 
372 aa  147  2e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>