More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01780 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  80.45 
 
 
525 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  80.45 
 
 
525 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  100 
 
 
522 aa  1013    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  39.14 
 
 
490 aa  313  4.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.31 
 
 
480 aa  310  4e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  40.7 
 
 
490 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.77 
 
 
476 aa  299  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  45.19 
 
 
483 aa  296  5e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.62 
 
 
485 aa  296  7e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
484 aa  289  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.86 
 
 
498 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.01 
 
 
474 aa  279  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.52 
 
 
521 aa  279  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.42 
 
 
488 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.54 
 
 
483 aa  270  5e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.23 
 
 
509 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.32 
 
 
518 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.13 
 
 
504 aa  249  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.13 
 
 
501 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.4 
 
 
487 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.02 
 
 
503 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.07 
 
 
493 aa  223  9e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.43 
 
 
481 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
502 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  34.93 
 
 
499 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  34.65 
 
 
498 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  34.59 
 
 
490 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.88 
 
 
493 aa  212  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.2 
 
 
479 aa  211  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.8 
 
 
509 aa  210  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
496 aa  209  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
496 aa  209  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.71 
 
 
520 aa  209  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.59 
 
 
477 aa  209  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.28 
 
 
495 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.07 
 
 
512 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.46 
 
 
547 aa  207  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.2 
 
 
482 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.39 
 
 
569 aa  205  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.85 
 
 
514 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  35.6 
 
 
508 aa  205  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.74 
 
 
475 aa  205  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.02 
 
 
486 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
465 aa  203  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.79 
 
 
489 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.98 
 
 
489 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.09 
 
 
511 aa  201  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.46 
 
 
495 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.77 
 
 
479 aa  201  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.63 
 
 
494 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.98 
 
 
479 aa  200  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.22 
 
 
523 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.13 
 
 
479 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
480 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.9 
 
 
523 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.9 
 
 
523 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.36 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.02 
 
 
520 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  36.05 
 
 
480 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.67 
 
 
517 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  31.7 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.13 
 
 
489 aa  197  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.06 
 
 
501 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.06 
 
 
501 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
523 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
500 aa  197  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.58 
 
 
541 aa  197  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  33.95 
 
 
496 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  35.09 
 
 
491 aa  196  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.2 
 
 
517 aa  196  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.53 
 
 
521 aa  196  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
496 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.12 
 
 
523 aa  196  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.8 
 
 
488 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
517 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  29.76 
 
 
558 aa  194  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.1 
 
 
497 aa  193  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.21 
 
 
504 aa  193  7e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
462 aa  193  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.27 
 
 
501 aa  193  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.3 
 
 
516 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.45 
 
 
488 aa  192  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
495 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
495 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.56 
 
 
513 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.87 
 
 
520 aa  192  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.91 
 
 
472 aa  192  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.56 
 
 
512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.15 
 
 
520 aa  191  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.65 
 
 
495 aa  191  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.94 
 
 
509 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
483 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.29 
 
 
486 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
460 aa  190  5e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.78 
 
 
473 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.85 
 
 
477 aa  190  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.91 
 
 
482 aa  189  9e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.78 
 
 
478 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.21 
 
 
483 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
510 aa  187  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>