More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0772 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  100 
 
 		 304 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  72.58 
 
 		 310 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  41.58 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  37.58 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  36.24 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  36.24 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  33.67 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  36.24 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  37.12 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  33.11 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  38.64 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.35 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  38.97 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  38.97 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  38.05 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  34.81 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  35.71 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  35.59 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  35.52 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  36.51 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  36.05 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  30.61 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  33 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  33.33 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  35.74 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.43 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  35.65 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  32.89 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.43 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  35.27 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  34.34 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  31.67 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  36.99 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  37.22 
 
 		 351 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  36.04 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  37.71 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  36.13 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  36.48 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  36.12 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  38.24 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  33.78 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  34.47 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  34.92 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  34.6 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  35.26 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  28.72 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  33.55 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  36.04 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.37 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  35.15 
 
 		 310 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.08 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  35.35 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  35.02 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  30.61 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  29.07 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  37.46 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  37.67 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  36.42 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  32.54 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.56 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  34.69 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  34.11 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  36.77 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  33.44 
 
 		 373 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  36.73 
 
 		 319 aa  135  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  34.01 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  36.43 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  30.92 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  34.26 
 
 		 321 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  30.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  33.22 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.23 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.2 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  29.93 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  34.12 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.56 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  36.7 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  34.71 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  31.61 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  32.87 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  31.08 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.23 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>