More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0011 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  100 
 
 		 124 aa  253  5e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  60.16 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  60 
 
 		 126 aa  143  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  62.5 
 
 		 123 aa  137  6e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  55 
 
 		 124 aa  130  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  56.2 
 
 		 126 aa  128  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  48.68 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  46.58 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1162  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.806523  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  43.06 
 
 		 106 aa  70.9  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 212 aa  70.1  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  35.04 
 
 		 213 aa  70.5  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  47.14 
 
 		 110 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3047  cytochrome c class I  44.16 
 
 		 106 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.545307  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  42.47 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  38.89 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  41.33 
 
 		 221 aa  64.3  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1185  cytochrome c family protein  42.65 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.472956  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  41.54 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  41.1 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  41.18 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 107 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  43.08 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  34.55 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  31.19 
 
 		 104 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  42.42 
 
 		 191 aa  62  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  34.62 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  44.29 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  34.82 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  33 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  35.64 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  36.71 
 
 		 116 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  38.55 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  43.75 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  39.39 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  37.14 
 
 		 266 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  37.35 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  42.19 
 
 		 198 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  42.47 
 
 		 223 aa  57  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2081  putative cytochrome c  42.19 
 
 		 194 aa  57  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  35.21 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  40.28 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  37.14 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  42.86 
 
 		 103 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  39.68 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1112  hypothetical protein  52 
 
 		 51 aa  55.5  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.527816 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  40.3 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 292 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  38.38 
 
 		 221 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  40 
 
 		 414 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  38.81 
 
 		 219 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  34.25 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  37.88 
 
 		 281 aa  53.9  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 222 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  34.25 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  35.05 
 
 		 207 aa  53.9  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  35.06 
 
 		 382 aa  53.9  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 219 aa  53.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  36.96 
 
 		 217 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  37.68 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  37.68 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  39.39 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  36 
 
 		 188 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  37.33 
 
 		 209 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  33.33 
 
 		 200 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  31.58 
 
 		 239 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0707  cytochrome c554  33.8 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  34.29 
 
 		 218 aa  52  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  35.94 
 
 		 205 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1404  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 263 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 200 aa  52.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2873  cytochrome c family protein  31.43 
 
 		 262 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0913  cytochrome c, class I  40 
 
 		 212 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  39.06 
 
 		 207 aa  52.4  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  32.84 
 
 		 216 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  38.24 
 
 		 229 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  32.69 
 
 		 205 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1578  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1493  putative cytochrome c related protein  31.43 
 
 		 262 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.164831  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 217 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 223 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  34.09 
 
 		 206 aa  51.6  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1354  cytochrome c family protein  31.43 
 
 		 262 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1360  cytochrome c family protein  31.43 
 
 		 262 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.264003  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3263  putative signal peptide protein  35.62 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  37.88 
 
 		 109 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 108 aa  51.2  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0626  putative periplasmic cytochrome c protein  32.32 
 
 		 237 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0822145  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  37.88 
 
 		 203 aa  51.2  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>