More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2734 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  616  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  78.95 
 
 		 306 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  79.28 
 
 		 306 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  41.35 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.56 
 
 		 293 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.01 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.23 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.23 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 291 aa  205  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  39.01 
 
 		 289 aa  205  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  39.46 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 292 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 289 aa  203  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 292 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.46 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.15 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.01 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.87 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  38.03 
 
 		 312 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.52 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 312 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 315 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>