More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3947 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 413 aa  848    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  54 
 
 		 411 aa  475  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  48.88 
 
 		 408 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  37.06 
 
 		 406 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  36.25 
 
 		 400 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  36.57 
 
 		 406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  34.34 
 
 		 404 aa  282  9e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  35.66 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  35.34 
 
 		 407 aa  270  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  35.47 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  33.33 
 
 		 404 aa  266  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 		 405 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  35.91 
 
 		 408 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  33.58 
 
 		 406 aa  258  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 		 408 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  32.18 
 
 		 405 aa  238  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 402 aa  233  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  34.89 
 
 		 400 aa  222  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  30.2 
 
 		 415 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  32.99 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  31.16 
 
 		 413 aa  217  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  32.17 
 
 		 411 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  31.13 
 
 		 414 aa  209  9e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  30.65 
 
 		 423 aa  207  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  31.84 
 
 		 403 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 411 aa  203  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  30.02 
 
 		 416 aa  199  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  30.33 
 
 		 413 aa  199  6e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  31.85 
 
 		 417 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 		 400 aa  189  7e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 411 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  28.78 
 
 		 408 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  34.14 
 
 		 411 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.01 
 
 		 428 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  29.98 
 
 		 411 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 		 411 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  30.75 
 
 		 405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  26.82 
 
 		 431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 		 419 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  28.89 
 
 		 410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  29.9 
 
 		 403 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  30.12 
 
 		 411 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  31.48 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  27.23 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  29.15 
 
 		 406 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  31.96 
 
 		 424 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  29.28 
 
 		 412 aa  171  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  28.78 
 
 		 423 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  26.78 
 
 		 412 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 		 397 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  27.36 
 
 		 487 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  30.56 
 
 		 407 aa  164  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 		 447 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  27.65 
 
 		 429 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  29.61 
 
 		 412 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  25.94 
 
 		 413 aa  157  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  25.69 
 
 		 397 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  26.98 
 
 		 419 aa  156  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  28.88 
 
 		 445 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  26.23 
 
 		 464 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  27.86 
 
 		 419 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  27.43 
 
 		 448 aa  147  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  25.74 
 
 		 404 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  25.56 
 
 		 423 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  25.56 
 
 		 423 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 431 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 449 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  28.25 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  27.25 
 
 		 410 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  26.6 
 
 		 414 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  26.26 
 
 		 379 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  25.99 
 
 		 379 aa  112  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  26.36 
 
 		 428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  23.6 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  24.44 
 
 		 460 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  24.18 
 
 		 458 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  24.16 
 
 		 450 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  22.22 
 
 		 480 aa  92.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  26.79 
 
 		 402 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  30.21 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  24.48 
 
 		 438 aa  80.1  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  22.52 
 
 		 463 aa  79.7  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  22.68 
 
 		 444 aa  79.7  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  21.18 
 
 		 394 aa  78.6  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  29.75 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  22.36 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  23.85 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  27.54 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  31.85 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  25.65 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 611 aa  66.6  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  23.3 
 
 		 418 aa  66.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 		 800 aa  62.4  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 		 605 aa  62  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2389  GGDEF family protein  30.08 
 
 		 829 aa  57  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 		 743 aa  56.6  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.74 
 
 		 743 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>