192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3765 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  100 
 
 		 414 aa  836    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  96.86 
 
 		 414 aa  811    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  76.33 
 
 		 412 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  85.02 
 
 		 414 aa  716    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  76.09 
 
 		 412 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  75.6 
 
 		 412 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  75.12 
 
 		 412 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  65.94 
 
 		 409 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  65.7 
 
 		 409 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  56.26 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  36.75 
 
 		 414 aa  302  9e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  41.69 
 
 		 417 aa  295  8e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  38.46 
 
 		 467 aa  290  4e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.45 
 
 		 428 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  41.73 
 
 		 419 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  39.05 
 
 		 407 aa  263  4e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  33.33 
 
 		 425 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  33.81 
 
 		 415 aa  208  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  34.22 
 
 		 415 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  36.47 
 
 		 404 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  34.22 
 
 		 415 aa  205  9e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  33.18 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  36.73 
 
 		 406 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  30.61 
 
 		 414 aa  189  5.999999999999999e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  37.42 
 
 		 506 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  33.92 
 
 		 410 aa  187  3e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  36.91 
 
 		 408 aa  186  5e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.44 
 
 		 416 aa  186  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  33.01 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  32.91 
 
 		 423 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  33.97 
 
 		 411 aa  179  7e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  33.52 
 
 		 409 aa  178  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  32.48 
 
 		 442 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 400 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  32.65 
 
 		 498 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  35.22 
 
 		 425 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  30.15 
 
 		 483 aa  176  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  32.51 
 
 		 414 aa  176  9e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  32.08 
 
 		 400 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.01 
 
 		 528 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  37.14 
 
 		 517 aa  173  5e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  30.52 
 
 		 410 aa  173  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  31.97 
 
 		 418 aa  172  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  32.14 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  32.02 
 
 		 410 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  29.34 
 
 		 515 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  36.43 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  32.14 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  36.1 
 
 		 537 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  32.85 
 
 		 401 aa  167  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  32.07 
 
 		 400 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  30.56 
 
 		 410 aa  166  9e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  32.66 
 
 		 410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  31.82 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.39 
 
 		 412 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  31.82 
 
 		 400 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  31.67 
 
 		 409 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  31.31 
 
 		 400 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  31.59 
 
 		 408 aa  160  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  35.03 
 
 		 406 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  30.77 
 
 		 410 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  30.68 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  34.34 
 
 		 381 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  34.28 
 
 		 409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  30.88 
 
 		 390 aa  136  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  34.56 
 
 		 381 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  34.25 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  34.15 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  35.04 
 
 		 393 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  34.15 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  34.15 
 
 		 381 aa  132  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  30.23 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  34.71 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.57 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.56 
 
 		 400 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  30.17 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  35.13 
 
 		 379 aa  130  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.46 
 
 		 392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.25 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.2 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  33.94 
 
 		 399 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  36.47 
 
 		 386 aa  126  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  31.38 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  35.47 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  33.02 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.75 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.9 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.64 
 
 		 400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.29 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  32.93 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.53 
 
 		 407 aa  120  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  29.9 
 
 		 388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>