More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0073 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
210 aa  424  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  46.07 
 
 
207 aa  158  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
189 aa  111  7e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  38.73 
 
 
201 aa  109  4e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  34.86 
 
 
182 aa  108  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  37.79 
 
 
188 aa  105  6e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
189 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
182 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
182 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
182 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
182 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
182 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 
200 aa  99  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  38.86 
 
 
189 aa  97.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  35 
 
 
258 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  36.47 
 
 
182 aa  94.4  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  36.69 
 
 
186 aa  94.4  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  35.67 
 
 
184 aa  93.2  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 
175 aa  92.4  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 
215 aa  91.7  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  36.78 
 
 
182 aa  86.7  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 
187 aa  85.1  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 
203 aa  84  1e-15  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 
178 aa  84.3  1e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  35.47 
 
 
652 aa  84  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 
183 aa  83.6  2e-15  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  35.39 
 
 
175 aa  80.9  1e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
176 aa  80.1  2e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 
171 aa  74.3  1e-12  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  32.35 
 
 
642 aa  73.2  3e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 
528 aa  70.5  2e-11  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
178 aa  70.1  2e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 
178 aa  69.7  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 
185 aa  69.7  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
178 aa  69.7  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 
185 aa  69.3  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 
207 aa  68.9  5e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  30.11 
 
 
178 aa  67.4  1e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  8.24446e-05  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  29.44 
 
 
192 aa  66.2  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
516 aa  65.5  5e-10  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  31.61 
 
 
196 aa  64.7  9e-10  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
199 aa  63.9  1e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
175 aa  64.7  1e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  48.57 
 
 
209 aa  64.3  1e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  48.57 
 
 
209 aa  64.3  1e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  48.57 
 
 
209 aa  64.3  1e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  49.33 
 
 
218 aa  63.5  2e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 
182 aa  63.9  2e-09  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 
199 aa  63.9  2e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  28.65 
 
 
200 aa  63.5  2e-09  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 
208 aa  63.5  2e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  30.81 
 
 
212 aa  62.8  3e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 
206 aa  63.2  3e-09  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  29.55 
 
 
178 aa  63.2  3e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.89008e-05  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 
197 aa  62.8  4e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
178 aa  62.8  4e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 
187 aa  62.8  4e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  28.18 
 
 
215 aa  62.4  5e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  44.74 
 
 
203 aa  62.4  5e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
180 aa  62  6e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
180 aa  62  6e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
180 aa  62  6e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
209 aa  61.6  8e-09  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 
182 aa  60.8  1e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
182 aa  61.2  1e-08  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  32.08 
 
 
195 aa  61.2  1e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
180 aa  61.2  1e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
205 aa  60.8  1e-08  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.8  1e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.8  1e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  25.13 
 
 
198 aa  60.8  1e-08  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
260 aa  61.2  1e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
180 aa  61.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.8  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.5  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
191 aa  60.1  2e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.23898e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 
191 aa  60.1  2e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.53964e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
192 aa  60.8  2e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
180 aa  60.5  2e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.8  2e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.8  2e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  31.36 
 
 
189 aa  60.5  2e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  30.34 
 
 
190 aa  60.5  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 
191 aa  60.5  2e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  28.8 
 
 
182 aa  59.7  3e-08  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 
191 aa  60.1  3e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.50107e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 
205 aa  59.3  4e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 
201 aa  58.9  5e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  26.83 
 
 
183 aa  58.9  6e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
224 aa  58.5  6e-08  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 
191 aa  58.5  7e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  7.37434e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  29.14 
 
 
224 aa  58.5  7e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  28.66 
 
 
214 aa  58.2  8e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 
259 aa  58.2  8e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
187 aa  58.5  8e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.45077e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>