More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1736 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 250 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  86.4 
 
 		 250 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  76.71 
 
 		 257 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  72.98 
 
 		 261 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  72.95 
 
 		 251 aa  362  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  72.18 
 
 		 257 aa  360  9e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  71.49 
 
 		 258 aa  354  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  66 
 
 		 250 aa  332  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  68.83 
 
 		 253 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  65.86 
 
 		 245 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  65.46 
 
 		 245 aa  319  3e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  67.59 
 
 		 253 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  63.79 
 
 		 256 aa  315  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  63.16 
 
 		 245 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  62.9 
 
 		 256 aa  306  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  62.55 
 
 		 256 aa  304  7e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  62.04 
 
 		 254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  61.07 
 
 		 254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  62.55 
 
 		 256 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  59.02 
 
 		 254 aa  292  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  59.02 
 
 		 254 aa  292  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  62.6 
 
 		 252 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  53.44 
 
 		 254 aa  280  2e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  58.54 
 
 		 247 aa  275  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  58.94 
 
 		 246 aa  275  5e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 247 aa  275  6e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  56.97 
 
 		 253 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  58.47 
 
 		 254 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  57.89 
 
 		 254 aa  268  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  57.89 
 
 		 254 aa  268  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  56.41 
 
 		 252 aa  268  5.9999999999999995e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  59.13 
 
 		 254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  56.63 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  55.33 
 
 		 263 aa  258  8e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  55.24 
 
 		 262 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  55.78 
 
 		 253 aa  255  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 250 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  51.85 
 
 		 249 aa  234  9e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  55.82 
 
 		 256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  48.56 
 
 		 247 aa  229  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  48.22 
 
 		 256 aa  228  7e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  48.99 
 
 		 253 aa  221  7e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  45.42 
 
 		 260 aa  216  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  47.5 
 
 		 255 aa  216  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  45.42 
 
 		 260 aa  216  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  45.42 
 
 		 260 aa  216  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  45.02 
 
 		 260 aa  215  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  215  5e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  46.31 
 
 		 255 aa  214  7e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  45.42 
 
 		 260 aa  214  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  46.31 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  46.12 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  44.4 
 
 		 260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  44.62 
 
 		 260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  44.84 
 
 		 260 aa  211  9e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  53.6 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 254 aa  210  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  44.22 
 
 		 260 aa  209  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  48.77 
 
 		 248 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  46.34 
 
 		 249 aa  208  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0499  Triose-phosphate isomerase  47.22 
 
 		 251 aa  208  7e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  47.77 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  43.03 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  45.9 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15890  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388365  normal  0.839835 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0151  Triose-phosphate isomerase  44.18 
 
 		 252 aa  207  2e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2065  triosephosphate isomerase  48.21 
 
 		 270 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  48.16 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  46.56 
 
 		 251 aa  205  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  43.44 
 
 		 252 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 		 251 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  47.76 
 
 		 250 aa  206  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  42.74 
 
 		 249 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 		 251 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 251 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3323  Triose-phosphate isomerase  48.39 
 
 		 263 aa  205  5e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000945528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 251 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  44.76 
 
 		 251 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  48.36 
 
 		 248 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 245 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  43.67 
 
 		 251 aa  204  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  43.39 
 
 		 250 aa  204  9e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1639  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.766552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  45.6 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  48.59 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  46.61 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 		 251 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 		 251 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  48.98 
 
 		 254 aa  202  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  46.89 
 
 		 251 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>