More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2660 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 289 aa  346  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 271 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 257 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.59 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 256 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 257 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.62 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  23.48 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.98 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.62 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.65 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  23.21 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  22.85 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.38 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 327 aa  62.4  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  22.09 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.37 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  36.36 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  41.1 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  23.94 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 351 aa  53.9  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  39.19 
 
 		 231 aa  53.9  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  28.81 
 
 		 275 aa  53.1  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 131 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 131 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 345 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 310 aa  52.4  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 338 aa  52.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 277 aa  52.4  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>