More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1082 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
301 aa  613  1e-175  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.59 
 
 
296 aa  422  1e-117  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.73 
 
 
296 aa  422  1e-117  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  60.27 
 
 
302 aa  358  5e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  61.72 
 
 
302 aa  358  5e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.93 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  59.93 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  62.07 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.93 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.93 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.6 
 
 
302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  59.93 
 
 
302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  59.6 
 
 
302 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.6 
 
 
302 aa  353  2e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.67 
 
 
303 aa  352  5e-96  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  59.8 
 
 
304 aa  342  5.999999999999999e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  56.76 
 
 
331 aa  338  5e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  59.44 
 
 
334 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  58.9 
 
 
306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  58.45 
 
 
304 aa  335  7e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  56.76 
 
 
304 aa  334  1e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  57.58 
 
 
306 aa  327  1.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  57.24 
 
 
306 aa  326  4.0000000000000003e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.68 
 
 
306 aa  324  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.22 
 
 
304 aa  323  1e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  52.9 
 
 
305 aa  323  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  56.06 
 
 
305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  52.17 
 
 
305 aa  318  5e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.71 
 
 
312 aa  318  6e-86  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.94 
 
 
305 aa  317  1e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  55.22 
 
 
305 aa  315  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  55.22 
 
 
305 aa  315  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  53.61 
 
 
304 aa  311  6.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  52.03 
 
 
303 aa  311  1e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  50.67 
 
 
309 aa  309  4e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.49 
 
 
303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  51.82 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  50.51 
 
 
300 aa  291  9e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  48.84 
 
 
306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 
312 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.37 
 
 
313 aa  281  1e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  48.47 
 
 
305 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  46.41 
 
 
329 aa  277  1e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  47.85 
 
 
306 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.95 
 
 
313 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 
319 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.97 
 
 
300 aa  268  1e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.6 
 
 
300 aa  267  2e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
314 aa  266  2e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  47.39 
 
 
318 aa  266  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  46.73 
 
 
318 aa  266  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.13 
 
 
308 aa  265  8e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
314 aa  263  2e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.67 
 
 
323 aa  263  4e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  45.78 
 
 
326 aa  262  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.81 
 
 
316 aa  261  8e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.12 
 
 
322 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.28 
 
 
316 aa  261  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.39 
 
 
324 aa  260  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.42 
 
 
320 aa  260  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.93 
 
 
311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  45.55 
 
 
315 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.61 
 
 
311 aa  256  2e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  46.56 
 
 
311 aa  256  3e-67  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
323 aa  256  3e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  45.92 
 
 
302 aa  256  4e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 
319 aa  255  6e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.86 
 
 
356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  49.19 
 
 
346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.33 
 
 
356 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.23 
 
 
320 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.88 
 
 
310 aa  252  6e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.08 
 
 
315 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  49.31 
 
 
319 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44.52 
 
 
325 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  48.61 
 
 
319 aa  249  5e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  43.96 
 
 
341 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.52 
 
 
319 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  44.84 
 
 
352 aa  246  3e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
318 aa  245  6.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.64 
 
 
319 aa  245  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46 
 
 
327 aa  245  8e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  43.2 
 
 
377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.16 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  43.52 
 
 
328 aa  243  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.33 
 
 
324 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.18 
 
 
319 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  44.95 
 
 
347 aa  243  3e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  43.71 
 
 
391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  49.06 
 
 
297 aa  242  5e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  43.34 
 
 
339 aa  242  5e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  43.34 
 
 
341 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.34 
 
 
333 aa  242  6e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  46 
 
 
334 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  46.1 
 
 
376 aa  241  9e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 
352 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 
319 aa  241  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 
313 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  42.16 
 
 
310 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.31 
 
 
326 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>