More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1272 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1272  dTMP kinase  100 
 
 		 234 aa  482  1e-135  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.175586 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1275  thymidylate kinase  63.05 
 
 		 206 aa  261  6e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0661  thymidylate kinase  60.11 
 
 		 210 aa  225  4e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.438198  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0575  thymidylate kinase  54.59 
 
 		 224 aa  218  7e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24870  thymidylate kinase  50.24 
 
 		 213 aa  205  4e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32590  thymidylate kinase  53.09 
 
 		 215 aa  201  8e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.226657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26170  thymidylate kinase  48.31 
 
 		 243 aa  198  6e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0288155  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  52.66 
 
 		 901 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0354  thymidylate kinase  51.72 
 
 		 281 aa  193  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  51.22 
 
 		 688 aa  193  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0843  dTMP kinase  51.2 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.224695 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4544  thymidylate kinase  50.79 
 
 		 671 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2783  thymidylate kinase  51.53 
 
 		 686 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.855806  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0717  thymidylate kinase  52.4 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0844  thymidylate kinase  49.04 
 
 		 707 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4404  dTMP kinase  47.39 
 
 		 703 aa  184  7e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  47.06 
 
 		 686 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4023  thymidylate kinase  51.04 
 
 		 705 aa  182  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9221  dTMP kinase  46.7 
 
 		 688 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  44.55 
 
 		 205 aa  181  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0386  thymidylate kinase  49.46 
 
 		 222 aa  178  4.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.203543  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0489  dTMP kinase  53.4 
 
 		 662 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.042381  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4306  thymidylate kinase  49.03 
 
 		 730 aa  175  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0400  dTMP kinase  43.3 
 
 		 204 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  44.71 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2194  thymidylate kinase  46.81 
 
 		 221 aa  171  6.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1092  dTMP kinase  44.5 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.642023  normal  0.243133 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0609  thymidylate kinase  47.17 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0198408  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  44.06 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0033  dTMP kinase  43.3 
 
 		 206 aa  166  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  46.81 
 
 		 202 aa  165  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4954  thymidylate kinase  51.1 
 
 		 707 aa  164  8e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.768884  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1310  thymidylate kinase  39.62 
 
 		 214 aa  162  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1029  dTMP kinase  42.03 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0040  dTMP kinase  42.36 
 
 		 210 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  45.69 
 
 		 206 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0053  dTMP kinase  44.26 
 
 		 203 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.115625  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  44.68 
 
 		 216 aa  161  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  47.85 
 
 		 200 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1425  thymidylate kinase  44.88 
 
 		 205 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.578696  normal  0.216838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  48.13 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1466  thymidylate kinase  47.06 
 
 		 205 aa  158  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.0122014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  46.32 
 
 		 206 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2338  thymidylate kinase  42.65 
 
 		 212 aa  158  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  45.69 
 
 		 206 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6186  thymidylate kinase  47.15 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1916  thymidylate kinase  47.15 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727621 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1893  thymidylate kinase  47.15 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.430132  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1189  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1425  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2443  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3388  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.830309  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0042  thymidylate kinase  44.62 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000722791 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1916  thymidylate kinase  46.39 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  42.44 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1784  thymidylate kinase  47.31 
 
 		 205 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378428  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  43.68 
 
 		 216 aa  156  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  40.58 
 
 		 206 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0036  dTMP kinase  42.79 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  47.15 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0023  dTMP kinase  40.67 
 
 		 215 aa  156  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0182529 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  47.15 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0696  dTMP kinase  41.45 
 
 		 197 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1381  thymidylate kinase  48.15 
 
 		 206 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  46.52 
 
 		 205 aa  156  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1407  thymidylate kinase  42.56 
 
 		 213 aa  156  3e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.255239  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0279  thymidylate kinase  40.48 
 
 		 213 aa  156  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1434  thymidylate kinase  46.35 
 
 		 203 aa  155  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0927  dTMP kinase  41.88 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0241028  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0026  thymidylate kinase  37.68 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0308  dTMP kinase  44.05 
 
 		 709 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.233817 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  46.45 
 
 		 204 aa  155  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0100  thymidylate kinase  41.74 
 
 		 233 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000072842 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2154  thymidylate kinase  46.81 
 
 		 206 aa  154  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511195  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03690  thymidylate kinase  47.98 
 
 		 219 aa  154  9e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193896  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1257  thymidylate kinase  44.97 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0787  dTMP kinase  40.82 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0925  thymidylate kinase  38.5 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1500  thymidylate kinase  43.48 
 
 		 203 aa  153  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.243976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  44.39 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  41.35 
 
 		 211 aa  152  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1405  thymidylate kinase  40.91 
 
 		 215 aa  152  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.201868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0372  thymidylate kinase  38.97 
 
 		 217 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000036403 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1581  thymidylate kinase  40.58 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5281  thymidylate kinase  39.51 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0035  thymidylate kinase  39.51 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  44.17 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1564  thymidylate kinase  42.08 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.446858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  43.22 
 
 		 204 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0025  thymidylate kinase  39.51 
 
 		 208 aa  148  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0683  thymidylate kinase  39.72 
 
 		 216 aa  148  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0029  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 208 aa  148  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0026  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 208 aa  148  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0026  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 208 aa  148  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0027  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 208 aa  148  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0883  dTMP kinase  40.5 
 
 		 211 aa  148  8e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0035  thymidylate kinase  39.02 
 
 		 208 aa  148  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  42.25 
 
 		 213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>