211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0511 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 258 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  92.64 
 
 		 258 aa  508  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  50.99 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  38.82 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.19 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  24.6 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  31.89 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  28.16 
 
 		 268 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  31.41 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  28.38 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  27.67 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  33.7 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.97 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.14 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517822  normal  0.355951 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  26.59 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.2 
 
 		 480 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  24.74 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  27.8 
 
 		 256 aa  62  0.000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  28.97 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.1 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  25.2 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.21 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  31.55 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  28.28 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  30.68 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  25.45 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  33.53 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1070  apurinic endonuclease Apn1  22.98 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.858381  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  24.79 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.65 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1279  hypothetical protein  26.28 
 
 		 280 aa  54.7  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.393575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  27.19 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  25.57 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  27.19 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  23.86 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.53 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  25.57 
 
 		 295 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1814  apurinic endonuclease Apn1  25.23 
 
 		 287 aa  54.3  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.602458  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  24.86 
 
 		 287 aa  53.5  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  27.71 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  27.57 
 
 		 280 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  27.52 
 
 		 271 aa  53.1  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  27.57 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.31 
 
 		 284 aa  53.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  27.57 
 
 		 280 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  26.05 
 
 		 289 aa  52.8  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  27.56 
 
 		 256 aa  52.8  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 295 aa  52.8  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  26.47 
 
 		 295 aa  52.8  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  24.77 
 
 		 256 aa  52.4  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  25.2 
 
 		 287 aa  52.4  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.17 
 
 		 273 aa  52  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 257 aa  52  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  25.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  42.31 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  23.7 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.04 
 
 		 294 aa  51.6  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  25.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1835  endonuclease IV  24.35 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  21.88 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  25.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  26.98 
 
 		 280 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  32 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  25.33 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 281 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  25.33 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  25.33 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.92 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  21.84 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.41 
 
 		 287 aa  50.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.05 
 
 		 275 aa  50.4  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  27.46 
 
 		 304 aa  50.1  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1299  xylose isomerase domain-containing protein  29.35 
 
 		 237 aa  50.1  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.47167  normal  0.0132415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.81 
 
 		 276 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.95 
 
 		 292 aa  50.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1936  endonuclease IV  25.93 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.904759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  31.21 
 
 		 262 aa  49.7  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 244 aa  50.1  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3227  endonuclease IV  21.82 
 
 		 279 aa  50.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476079 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.68 
 
 		 268 aa  49.7  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1179  deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  25.25 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2421  endonuclease IV  24.88 
 
 		 283 aa  49.3  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.27 
 
 		 284 aa  49.3  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>