183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_715 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  82.2 
 
 		 523 aa  874    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  83 
 
 		 500 aa  881    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 500 aa  1044    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  35.28 
 
 		 484 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  29.32 
 
 		 510 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  29.48 
 
 		 496 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  28.73 
 
 		 586 aa  203  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2408  FAD dependent oxidoreductase  29.61 
 
 		 563 aa  196  6e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410244  normal  0.0736984 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1763  FAD dependent oxidoreductase  25.92 
 
 		 498 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  25.19 
 
 		 503 aa  101  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  24.95 
 
 		 522 aa  99.8  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  25.66 
 
 		 508 aa  99.8  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  23.87 
 
 		 938 aa  96.7  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  23.13 
 
 		 503 aa  96.3  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  25.29 
 
 		 503 aa  93.6  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.8 
 
 		 740 aa  93.2  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  22.74 
 
 		 508 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  22.99 
 
 		 507 aa  90.9  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  23.49 
 
 		 501 aa  89.7  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  23.81 
 
 		 494 aa  88.2  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  25.2 
 
 		 502 aa  88.2  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  22.75 
 
 		 506 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  22.12 
 
 		 518 aa  84.7  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4081  amine oxidase  22.79 
 
 		 571 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.39239 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  23.55 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  21.46 
 
 		 516 aa  82.4  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  24.71 
 
 		 505 aa  81.3  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  21.53 
 
 		 512 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0544  amine oxidase  22 
 
 		 525 aa  80.9  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00189501  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  21.53 
 
 		 512 aa  80.5  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  21.6 
 
 		 514 aa  79.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  21.92 
 
 		 520 aa  77  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  23.41 
 
 		 506 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  22.05 
 
 		 504 aa  74.7  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  20.71 
 
 		 520 aa  74.7  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  20.8 
 
 		 518 aa  73.9  0.000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  21.7 
 
 		 520 aa  73.6  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  24.36 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0543  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  22.99 
 
 		 526 aa  72.4  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000116233  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  23.33 
 
 		 504 aa  70.9  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  19.74 
 
 		 509 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  21.82 
 
 		 514 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  23.85 
 
 		 511 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  41.89 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  21.26 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3330  C-3',4' desaturase CrtD  22.92 
 
 		 510 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  22.96 
 
 		 547 aa  68.2  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  20.28 
 
 		 496 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  23.23 
 
 		 514 aa  67  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  20.65 
 
 		 504 aa  67  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.71 
 
 		 511 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  23.19 
 
 		 708 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  21.88 
 
 		 520 aa  65.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.18 
 
 		 511 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1896  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 		 73 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  22.58 
 
 		 711 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  21.67 
 
 		 509 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  21.09 
 
 		 492 aa  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  22.14 
 
 		 505 aa  63.5  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  19.6 
 
 		 509 aa  63.5  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  21.65 
 
 		 532 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  22.48 
 
 		 515 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  20.99 
 
 		 544 aa  62.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  39.36 
 
 		 499 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  22.05 
 
 		 506 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  23.22 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  39.36 
 
 		 499 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000928862  unclonable  0.00000000408673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  22.65 
 
 		 512 aa  61.6  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  22.16 
 
 		 535 aa  61.2  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  23.19 
 
 		 501 aa  60.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  23.17 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  22.7 
 
 		 502 aa  60.5  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  22.84 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  22.31 
 
 		 498 aa  59.7  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  33.33 
 
 		 505 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  20.74 
 
 		 505 aa  58.9  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.39 
 
 		 542 aa  58.9  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  20.38 
 
 		 509 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  22.77 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  21.51 
 
 		 493 aa  58.9  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2640  amine oxidase  21.24 
 
 		 495 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  19.8 
 
 		 497 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  21.36 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4273  C-3',4' desaturase CrtD  20.54 
 
 		 499 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.938391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  23.27 
 
 		 511 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  22.58 
 
 		 717 aa  57.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  20 
 
 		 497 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.15 
 
 		 522 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  20.38 
 
 		 509 aa  57  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  21.7 
 
 		 495 aa  56.6  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.31 
 
 		 499 aa  56.6  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  37.8 
 
 		 494 aa  56.6  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  22.74 
 
 		 516 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  21.94 
 
 		 553 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  20.19 
 
 		 531 aa  55.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  32.5 
 
 		 505 aa  54.3  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  32.5 
 
 		 505 aa  54.3  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  32.5 
 
 		 503 aa  54.3  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  21.86 
 
 		 512 aa  53.9  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  33.82 
 
 		 508 aa  53.5  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>