More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1015 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1015  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
204 aa  406  1e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  2.02163e-09  unclonable  1.39192e-08 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2484  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.04 
 
 
202 aa  224  6e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.235796 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0426  Crp/Fnr family transcriptional regulator  50 
 
 
202 aa  208  5e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.86211 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1482  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 
196 aa  118  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.053801  hitchhiker  3.18932e-05 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0375  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.38 
 
 
196 aa  111  9e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.887845  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1419  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
208 aa  99.4  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0779815 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  30.37 
 
 
267 aa  73.9  1e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
235 aa  71.2  1e-11  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  2.38682e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
232 aa  71.2  1e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
229 aa  70.9  1e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
234 aa  68.6  6e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
243 aa  68.6  6e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
235 aa  67.8  1e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.84 
 
 
231 aa  67.8  1e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
230 aa  66.6  2e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 
219 aa  65.9  4e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3366  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
208 aa  65.5  5e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.698764  normal  0.804601 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
227 aa  64.7  9e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
252 aa  64.3  1e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 
237 aa  63.9  2e-09  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0884  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.95 
 
 
214 aa  62.8  3e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163926  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2833  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.17 
 
 
213 aa  62.4  4e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0320601  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  29.56 
 
 
224 aa  62  6e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  32.56 
 
 
226 aa  62  6e-09  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
219 aa  61.6  7e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
226 aa  61.6  8e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
222 aa  61.6  8e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 
236 aa  61.2  9e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.84 
 
 
232 aa  61.2  9e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 
254 aa  61.2  1e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.49 
 
 
228 aa  61.2  1e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1045  Crp-like transcriptional regulator  27.37 
 
 
229 aa  61.2  1e-08  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000241394  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  28.17 
 
 
254 aa  61.2  1e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.29 
 
 
254 aa  60.8  1e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
239 aa  60.1  2e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1360  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
223 aa  59.7  3e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
226 aa  59.7  3e-08  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
239 aa  59.7  3e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  30.77 
 
 
211 aa  59.3  3e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
227 aa  59.3  4e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
228 aa  58.9  4e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.01 
 
 
229 aa  59.3  4e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0244  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
228 aa  58.9  5e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3141  cyclic nucleotide-binding protein  30.16 
 
 
249 aa  58.5  6e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0400922  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0990  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.5 
 
 
195 aa  58.5  7e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.596823  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
234 aa  58.5  7e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
226 aa  58.2  9e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
217 aa  57.8  1e-07  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
230 aa  57.8  1e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
230 aa  57.8  1e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1070  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
235 aa  57.8  1e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105875  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.31 
 
 
229 aa  56.6  2e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.05 
 
 
239 aa  57  2e-07  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
237 aa  56.6  2e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
239 aa  56.6  2e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  29.35 
 
 
214 aa  57  2e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.46 
 
 
225 aa  56.6  2e-07  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
224 aa  57  2e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
239 aa  56.6  2e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.66 
 
 
234 aa  56.6  2e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
241 aa  57  2e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  29.31 
 
 
243 aa  57  2e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 
225 aa  56.2  3e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
225 aa  56.6  3e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.12 
 
 
225 aa  55.5  5e-07  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
239 aa  55.5  5e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1260  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.63 
 
 
230 aa  55.5  5e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3413  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 
249 aa  55.5  6e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
225 aa  55.5  6e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
222 aa  55.1  6e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  26.26 
 
 
240 aa  55.5  6e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 
220 aa  55.1  7e-07  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.21 
 
 
239 aa  55.1  7e-07  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1146  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
211 aa  55.1  7e-07  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.242619  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
251 aa  55.1  7e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
230 aa  55.1  8e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.52774e-08  hitchhiker  1.98015e-05 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 
225 aa  54.7  9e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.09 
 
 
243 aa  54.7  9e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.79 
 
 
225 aa  54.3  1e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
249 aa  54.7  1e-06  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
240 aa  53.9  1e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.49 
 
 
225 aa  54.3  1e-06  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
231 aa  54.7  1e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0372  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
225 aa  53.5  2e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
221 aa  53.5  2e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
226 aa  53.9  2e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 
229 aa  53.5  2e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
226 aa  53.9  2e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
252 aa  53.5  2e-06  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  26.15 
 
 
224 aa  53.1  2e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  27.22 
 
 
198 aa  53.5  2e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4303  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
224 aa  53.1  3e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50399  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 
234 aa  53.1  3e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1896  cyclic nucleotide-binding protein  29.59 
 
 
218 aa  52.8  3e-06  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
239 aa  53.1  3e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.73 
 
 
226 aa  52.8  4e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.11 
 
 
224 aa  52.4  4e-06  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25 
 
 
231 aa  52.8  4e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.59 
 
 
197 aa  52.8  4e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778777  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.29 
 
 
235 aa  52.4  4e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>