More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CND03540 on replicon NC_006686
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  56.83 
 
 
1252 aa  1418    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  33.09 
 
 
1225 aa  663    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.56 
 
 
1124 aa  756    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  51.7 
 
 
1212 aa  1246    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  100 
 
 
1193 aa  2500    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  35.59 
 
 
1201 aa  685    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  36.82 
 
 
1131 aa  732    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  60.73 
 
 
1232 aa  1522    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.03 
 
 
1127 aa  739    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  38.59 
 
 
1124 aa  787    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  36.35 
 
 
1127 aa  729    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  35.23 
 
 
1115 aa  721    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  36.88 
 
 
1127 aa  739    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  36.28 
 
 
1130 aa  734    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  36.27 
 
 
1127 aa  742    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  56.3 
 
 
1174 aa  1347    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  39.48 
 
 
1211 aa  585  1.0000000000000001e-165  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  39.21 
 
 
1146 aa  580  1e-164  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  40.36 
 
 
1155 aa  578  1.0000000000000001e-163  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  39.32 
 
 
1129 aa  545  1e-153  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  43.21 
 
 
604 aa  514  1e-144  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.31 
 
 
608 aa  500  1e-140  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.55 
 
 
604 aa  502  1e-140  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  40.47 
 
 
609 aa  499  1e-139  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.93 
 
 
604 aa  497  1e-139  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.52 
 
 
604 aa  498  1e-139  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.93 
 
 
604 aa  497  1e-139  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.01 
 
 
637 aa  499  1e-139  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.69 
 
 
604 aa  494  9.999999999999999e-139  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.9 
 
 
611 aa  490  1e-137  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.28 
 
 
608 aa  492  1e-137  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.31 
 
 
611 aa  488  1e-136  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40 
 
 
611 aa  483  1e-135  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  39.22 
 
 
609 aa  482  1e-134  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.8 
 
 
606 aa  483  1e-134  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.53 
 
 
604 aa  480  1e-134  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  39.85 
 
 
611 aa  480  1e-134  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.28 
 
 
611 aa  480  1e-134  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  39.41 
 
 
609 aa  479  1e-133  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  28.34 
 
 
1193 aa  360  8e-98  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  38.11 
 
 
1147 aa  322  3e-86  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  36.6 
 
 
1145 aa  310  8e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  39.37 
 
 
1167 aa  298  4e-79  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  29.66 
 
 
1231 aa  293  1e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.8 
 
 
510 aa  239  2e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.94 
 
 
499 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  30.29 
 
 
499 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.94 
 
 
499 aa  234  8.000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.02 
 
 
499 aa  231  4e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.3 
 
 
521 aa  226  2e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  30.78 
 
 
531 aa  218  5.9999999999999996e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.93 
 
 
521 aa  216  2.9999999999999995e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.4 
 
 
496 aa  214  7.999999999999999e-54  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  29.61 
 
 
526 aa  213  1e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.47 
 
 
518 aa  211  8e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.03 
 
 
520 aa  211  9e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.53 
 
 
542 aa  211  1e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  28.87 
 
 
503 aa  208  4e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  27.92 
 
 
513 aa  208  5e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  27.92 
 
 
513 aa  208  5e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.11 
 
 
1202 aa  207  9e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  28.16 
 
 
524 aa  207  1e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.1 
 
 
1070 aa  203  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  27.5 
 
 
516 aa  201  6e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25 
 
 
1245 aa  200  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.27 
 
 
1227 aa  200  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  27.87 
 
 
522 aa  198  5.000000000000001e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.87 
 
 
1202 aa  198  6e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.67 
 
 
1250 aa  197  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.26 
 
 
1115 aa  197  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  30.42 
 
 
1197 aa  195  4e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.4 
 
 
1176 aa  193  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.94 
 
 
1229 aa  194  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.57 
 
 
1228 aa  193  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.59 
 
 
1246 aa  194  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.18 
 
 
1152 aa  193  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.07 
 
 
1191 aa  192  4e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.37 
 
 
1193 aa  190  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.62 
 
 
1141 aa  189  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.03 
 
 
1100 aa  189  4e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.19 
 
 
1212 aa  189  4e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.17 
 
 
1122 aa  187  9e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.93 
 
 
1117 aa  187  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.07 
 
 
1197 aa  187  1.0000000000000001e-45  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  31.04 
 
 
1107 aa  187  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.54 
 
 
1145 aa  186  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.85 
 
 
1099 aa  185  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.75 
 
 
1238 aa  184  6e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.68 
 
 
1103 aa  184  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.68 
 
 
1103 aa  184  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.3 
 
 
1183 aa  183  2e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.55 
 
 
1126 aa  182  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.81 
 
 
1234 aa  182  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.81 
 
 
1234 aa  182  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  31.52 
 
 
1203 aa  183  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.64 
 
 
1090 aa  183  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.93 
 
 
1173 aa  182  2.9999999999999997e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.66 
 
 
1196 aa  182  2.9999999999999997e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.3 
 
 
1183 aa  182  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.57 
 
 
1174 aa  182  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>