More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_0028 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.3 
 
 
1124 aa  707    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  67.05 
 
 
604 aa  872    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.31 
 
 
1127 aa  695    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  74.34 
 
 
604 aa  955    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  65.17 
 
 
609 aa  838    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.07 
 
 
1127 aa  691    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.17 
 
 
608 aa  845    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.99 
 
 
1131 aa  650    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.22 
 
 
606 aa  845    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  60.33 
 
 
611 aa  767    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.46 
 
 
1124 aa  714    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  59.87 
 
 
611 aa  767    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  68.71 
 
 
604 aa  885    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  64.51 
 
 
609 aa  834    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  59.87 
 
 
611 aa  768    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.51 
 
 
1115 aa  637    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  59.69 
 
 
1201 aa  781    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.39 
 
 
604 aa  861    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.91 
 
 
1127 aa  691    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  100 
 
 
604 aa  1238    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  59.87 
 
 
611 aa  766    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  59.31 
 
 
611 aa  758    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  65.34 
 
 
608 aa  845    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  52.51 
 
 
1130 aa  655    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.39 
 
 
604 aa  861    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.93 
 
 
1127 aa  699    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  63.85 
 
 
609 aa  812    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  65.4 
 
 
604 aa  853    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  62.03 
 
 
637 aa  822    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  44.46 
 
 
1146 aa  531  1e-149  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  43.49 
 
 
1174 aa  525  1e-148  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  43.5 
 
 
1129 aa  499  1e-140  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  41.53 
 
 
1232 aa  499  1e-140  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  44.08 
 
 
1155 aa  500  1e-140  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  40.52 
 
 
1193 aa  498  1e-139  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  41.22 
 
 
1212 aa  488  1e-136  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  40 
 
 
1252 aa  479  1e-134  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  41.4 
 
 
1225 aa  476  1e-133  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  41.3 
 
 
1211 aa  465  1e-129  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  34.76 
 
 
1147 aa  313  6.999999999999999e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  38.32 
 
 
1231 aa  306  1.0000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  39.14 
 
 
1167 aa  301  3e-80  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  37.08 
 
 
1193 aa  299  1e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  34.64 
 
 
1145 aa  289  1e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.19 
 
 
1141 aa  223  9e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.21 
 
 
1227 aa  220  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.14 
 
 
1202 aa  218  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.92 
 
 
1126 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.18 
 
 
1228 aa  217  5e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.7 
 
 
1176 aa  216  7e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  32.02 
 
 
1070 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.7 
 
 
1246 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.5 
 
 
1202 aa  214  3.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.46 
 
 
1090 aa  214  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.94 
 
 
1190 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  37.21 
 
 
1197 aa  213  5.999999999999999e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.46 
 
 
1250 aa  213  1e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.01 
 
 
1203 aa  213  1e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.31 
 
 
1183 aa  212  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.31 
 
 
1183 aa  212  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.38 
 
 
1115 aa  212  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.94 
 
 
1238 aa  212  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.14 
 
 
1191 aa  211  4e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.7 
 
 
1185 aa  211  4e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.07 
 
 
1212 aa  210  7e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  209  8e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5203  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000890566  unclonable  1.148e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  209  8e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1177 aa  210  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000446144  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0114  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.89 
 
 
1130 aa  210  8e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.65239e-57 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.18 
 
 
1217 aa  209  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.11 
 
 
1177 aa  208  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.03 
 
 
1196 aa  208  2e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.18 
 
 
1152 aa  209  2e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.48 
 
 
1183 aa  207  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.18 
 
 
1193 aa  207  6e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.66 
 
 
1183 aa  206  7e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.52 
 
 
1148 aa  205  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.22 
 
 
1145 aa  204  4e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  33.25 
 
 
1107 aa  203  7e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.77 
 
 
1099 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.22 
 
 
1174 aa  202  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.31 
 
 
1125 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0391  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.66 
 
 
1181 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.01 
 
 
1227 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.21 
 
 
1096 aa  201  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.77 
 
 
1234 aa  201  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.77 
 
 
1234 aa  201  5e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.49 
 
 
1245 aa  200  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.25 
 
 
1229 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.34 
 
 
1173 aa  199  1.0000000000000001e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.93 
 
 
1197 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1705  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1124 aa  196  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.67 
 
 
1152 aa  196  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4338  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.9 
 
 
1160 aa  195  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.68 
 
 
1235 aa  194  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>