More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2160 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  52.31 
 
 
1124 aa  668    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.5 
 
 
1115 aa  635    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  59.47 
 
 
611 aa  758    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  60.46 
 
 
611 aa  765    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  60.3 
 
 
611 aa  763    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  81.95 
 
 
604 aa  1043    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  68.87 
 
 
604 aa  885    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  81.95 
 
 
604 aa  1043    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.32 
 
 
1127 aa  647    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  100 
 
 
604 aa  1236    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  83.55 
 
 
606 aa  1054    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  52.15 
 
 
1127 aa  657    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  62.48 
 
 
609 aa  793    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  66.72 
 
 
604 aa  842    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  58.95 
 
 
611 aa  747    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.35 
 
 
1201 aa  743    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  84.77 
 
 
604 aa  1070    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  64.3 
 
 
608 aa  831    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.73 
 
 
1124 aa  664    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  67.05 
 
 
604 aa  872    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.32 
 
 
1127 aa  647    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  64.79 
 
 
608 aa  836    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  60.46 
 
 
611 aa  761    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.82 
 
 
1127 aa  657    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  64.13 
 
 
609 aa  823    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  63.31 
 
 
609 aa  815    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  73.03 
 
 
637 aa  959    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.43 
 
 
1130 aa  622  1e-177  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.66 
 
 
1131 aa  620  1e-176  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  43.3 
 
 
1174 aa  521  1e-146  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  42.69 
 
 
1146 aa  507  9.999999999999999e-143  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  41.9 
 
 
1232 aa  506  9.999999999999999e-143  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  42.19 
 
 
1212 aa  497  1e-139  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  41.69 
 
 
1193 aa  494  9.999999999999999e-139  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  40.74 
 
 
1252 aa  481  1e-134  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  42.33 
 
 
1129 aa  480  1e-134  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  41.98 
 
 
1155 aa  474  1e-132  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  40.4 
 
 
1225 aa  462  1e-129  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  39.4 
 
 
1211 aa  447  1.0000000000000001e-124  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  34.51 
 
 
1147 aa  308  2.0000000000000002e-82  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  34.56 
 
 
1231 aa  298  2e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  36.48 
 
 
1167 aa  293  6e-78  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  31.98 
 
 
1193 aa  292  1e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  33.65 
 
 
1145 aa  265  1e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.75 
 
 
1115 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  31.14 
 
 
1090 aa  225  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.55 
 
 
1246 aa  222  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.63 
 
 
1228 aa  220  7e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.17 
 
 
1238 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.75 
 
 
1141 aa  216  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.95 
 
 
1203 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.22 
 
 
1126 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.36 
 
 
1176 aa  213  9e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  34.72 
 
 
1197 aa  212  2e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.95 
 
 
1183 aa  211  4e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.8 
 
 
1212 aa  211  4e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.5 
 
 
1250 aa  211  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.88 
 
 
1202 aa  210  5e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.82 
 
 
1227 aa  209  9e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.78 
 
 
1196 aa  208  2e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.42 
 
 
1202 aa  208  3e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.6 
 
 
1190 aa  207  4e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.36 
 
 
1183 aa  207  6e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.36 
 
 
1183 aa  206  9e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.36 
 
 
1183 aa  206  9e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.57 
 
 
1145 aa  206  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.36 
 
 
1185 aa  206  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.63 
 
 
1191 aa  205  2e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.36 
 
 
1245 aa  205  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.65 
 
 
1174 aa  204  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.12 
 
 
1229 aa  204  5e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.71 
 
 
1152 aa  203  7e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0114  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1130 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.65239e-57 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.73 
 
 
1234 aa  202  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.73 
 
 
1234 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5203  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000890566  unclonable  1.148e-23 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.97 
 
 
1193 aa  202  1.9999999999999998e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000446144  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.65 
 
 
1177 aa  201  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  33.65 
 
 
1107 aa  199  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  28.7 
 
 
1235 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.22 
 
 
1141 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.21 
 
 
1099 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  37.11 
 
 
1173 aa  197  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.89 
 
 
1217 aa  197  5.000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.75 
 
 
1095 aa  196  9e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.75 
 
 
1095 aa  196  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  32.3 
 
 
1148 aa  196  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.63 
 
 
1096 aa  195  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.8 
 
 
1097 aa  195  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.94 
 
 
1227 aa  195  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  37.27 
 
 
1070 aa  194  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.1 
 
 
1117 aa  193  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.81 
 
 
1122 aa  193  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>