More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5685 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5685  porin  100 
 
 
357 aa  709  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  98.32 
 
 
357 aa  699  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  56.72 
 
 
358 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  55.52 
 
 
358 aa  357  1e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  55.22 
 
 
358 aa  357  2e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  55.26 
 
 
358 aa  356  3e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  55.56 
 
 
358 aa  356  4e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  55.56 
 
 
358 aa  356  4e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  55.56 
 
 
358 aa  356  4e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  55.03 
 
 
358 aa  355  6e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  54.65 
 
 
358 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  54.35 
 
 
387 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  54.35 
 
 
358 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  52.87 
 
 
361 aa  340  3e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  51.36 
 
 
361 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  50.14 
 
 
367 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  49.29 
 
 
360 aa  324  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  45.68 
 
 
363 aa  305  5e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  50.15 
 
 
356 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  49.42 
 
 
361 aa  303  2e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  50.45 
 
 
351 aa  303  3e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  49.24 
 
 
356 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  48.95 
 
 
352 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  48.95 
 
 
352 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  46.04 
 
 
359 aa  283  3e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  42.73 
 
 
365 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  43.84 
 
 
344 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  41.81 
 
 
344 aa  234  2e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  41.99 
 
 
344 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  40.66 
 
 
357 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  40.66 
 
 
357 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  40.06 
 
 
357 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  40.06 
 
 
357 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  39.76 
 
 
357 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  44.88 
 
 
332 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  40 
 
 
362 aa  199  4e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  39.94 
 
 
340 aa  199  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  37.68 
 
 
341 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  38.05 
 
 
341 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  36.34 
 
 
342 aa  182  8e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  39.27 
 
 
340 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  35 
 
 
369 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  3.49197e-07  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  31.87 
 
 
344 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  34.51 
 
 
358 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  33.14 
 
 
350 aa  118  2e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  34.65 
 
 
380 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  32.93 
 
 
368 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  34.74 
 
 
400 aa  112  7e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  32.19 
 
 
359 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  34.07 
 
 
350 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  34.05 
 
 
355 aa  110  4e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  34.05 
 
 
355 aa  110  4e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.72 
 
 
338 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.72 
 
 
352 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  32.56 
 
 
394 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  33.43 
 
 
350 aa  109  7e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  33.43 
 
 
350 aa  109  7e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.62 
 
 
385 aa  109  9e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0370  OmpC family outer membrane porin  31.79 
 
 
389 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166204  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  33.23 
 
 
359 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  3.61687e-05 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  34.25 
 
 
393 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  33.62 
 
 
385 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  34.47 
 
 
400 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  31.84 
 
 
376 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  33.23 
 
 
359 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  32.75 
 
 
359 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  32.08 
 
 
360 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  32.75 
 
 
359 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  32.19 
 
 
380 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.95 
 
 
363 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  32.67 
 
 
359 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  31.11 
 
 
386 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  32.68 
 
 
449 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  33.75 
 
 
350 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  31.11 
 
 
386 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  32.47 
 
 
380 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.68 
 
 
363 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.68 
 
 
363 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  32.68 
 
 
363 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  32.68 
 
 
363 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.68 
 
 
363 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  30.84 
 
 
386 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  32.47 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  32.76 
 
 
384 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  34.05 
 
 
359 aa  106  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  31.71 
 
 
379 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  32.49 
 
 
386 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  32.22 
 
 
386 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  32.85 
 
 
394 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  32.85 
 
 
394 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.55 
 
 
361 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  35.24 
 
 
379 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2703  porin Gram-negative type  31.65 
 
 
372 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  32.66 
 
 
386 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  33.33 
 
 
390 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  31.18 
 
 
389 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6067  porin  32.65 
 
 
362 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0168259  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  32.85 
 
 
386 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>