More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2857 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  80.82 
 
 		 532 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 		 532 aa  1103    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  65.61 
 
 		 538 aa  678    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  52.57 
 
 		 527 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  53.55 
 
 		 526 aa  560  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  52.76 
 
 		 528 aa  558  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  52.09 
 
 		 526 aa  544  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  44.11 
 
 		 523 aa  450  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  44.11 
 
 		 523 aa  450  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  43.91 
 
 		 528 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  43.91 
 
 		 528 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  43.59 
 
 		 528 aa  431  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  42.54 
 
 		 526 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 526 aa  413  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 		 527 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 544 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  41.95 
 
 		 528 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  44.32 
 
 		 527 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 		 526 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 		 531 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  40.19 
 
 		 527 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  40.16 
 
 		 531 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  41.94 
 
 		 520 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 524 aa  353  4e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  39.11 
 
 		 530 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  39.11 
 
 		 528 aa  348  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  38.13 
 
 		 526 aa  347  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  38.72 
 
 		 556 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 529 aa  344  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  39.4 
 
 		 460 aa  342  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 		 517 aa  337  2.9999999999999997e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  37.5 
 
 		 595 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  34.44 
 
 		 516 aa  298  1e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 528 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  34.76 
 
 		 514 aa  293  7e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 520 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  35.17 
 
 		 526 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  34.46 
 
 		 520 aa  286  7e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 		 535 aa  279  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 		 531 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  33.07 
 
 		 542 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  33.72 
 
 		 509 aa  274  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  33.84 
 
 		 519 aa  274  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 517 aa  274  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 		 535 aa  270  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  33.14 
 
 		 518 aa  268  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  32.18 
 
 		 533 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  33.08 
 
 		 517 aa  267  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 538 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.5 
 
 		 530 aa  262  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  32.41 
 
 		 533 aa  260  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  34.82 
 
 		 532 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  34.46 
 
 		 520 aa  256  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  34.82 
 
 		 532 aa  256  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 514 aa  250  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 514 aa  250  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  33.27 
 
 		 528 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.89 
 
 		 516 aa  239  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.39 
 
 		 516 aa  238  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  30.17 
 
 		 537 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 		 515 aa  230  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  30.86 
 
 		 526 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  29.78 
 
 		 512 aa  225  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 521 aa  223  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  32.26 
 
 		 524 aa  223  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  30.75 
 
 		 522 aa  223  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  31.27 
 
 		 525 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.94 
 
 		 521 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 544 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 549 aa  206  9e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 		 534 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 534 aa  192  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 		 531 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.82 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.82 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.82 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.49 
 
 		 521 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 497 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 532 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 		 534 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  27.61 
 
 		 499 aa  176  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.01 
 
 		 535 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.35 
 
 		 532 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 532 aa  166  6.9999999999999995e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 527 aa  165  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 545 aa  163  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 509 aa  161  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 530 aa  160  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 		 546 aa  159  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.34 
 
 		 510 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 495 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 525 aa  157  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  31.12 
 
 		 514 aa  157  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 520 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 568 aa  156  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 517 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>