More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5122 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 314 aa  656    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 311 aa  498  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  69.9 
 
 		 291 aa  407  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  69.2 
 
 		 291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  50.66 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 291 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  41.84 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  44.55 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  21.25 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  26.36 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 273 aa  79  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  42.42 
 
 		 1343 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 269 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.22 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  38 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.42 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 346 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  31.8 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  40.52 
 
 		 1378 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1440  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 		 209 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.78 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>