More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1440 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1440  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 209 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 295 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 295 aa  88.2  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 288 aa  87.8  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 152 aa  87  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  85.5  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 288 aa  85.1  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  33.1 
 
 		 288 aa  85.1  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  33.1 
 
 		 288 aa  85.1  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  27.72 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 293 aa  82  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 289 aa  81.6  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 306 aa  81.3  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 136 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  37.37 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  37.37 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  37.37 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  37.37 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  37.37 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 289 aa  78.6  0.00000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  36.7 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  36.36 
 
 		 289 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  42.55 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 118 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  31.29 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2251  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 361 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  42.22 
 
 		 281 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 284 aa  75.1  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  74.7  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  35.71 
 
 		 107 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  27.14 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  27.14 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  34.29 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.29 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  27.18 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 290 aa  72  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 128 aa  72  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0674  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 265 aa  72  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 281 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  27.88 
 
 		 113 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  28.87 
 
 		 113 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  28.87 
 
 		 113 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 292 aa  72  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 290 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2210  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 291 aa  71.6  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  26.67 
 
 		 288 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 277 aa  71.6  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 288 aa  72  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  32.69 
 
 		 302 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 303 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 279 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 314 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0086  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 313 aa  71.2  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.353006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0137  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.10009 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  41.11 
 
 		 281 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>